Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 134,838 | A→G | W249R (TGG→CGG) | speD ← | S‑adenosylmethionine decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 134,838 | 0 | A | G | 99.4% | 562.0 / NA | 173 | W249R (TGG→CGG) | speD | S‑adenosylmethionine decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (108/64); minor base T (1/0); total (109/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
GTAAATAAATCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCACAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCTTTAA > NC_000913/134747‑134927 | ataaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcagcg > 1:354078/1‑93 (MQ=255) taaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcagcgc > 1:3690450/1‑93 (MQ=255) taaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcagcgc > 1:4061437/1‑93 (MQ=255) taaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcagcgc > 1:3049991/1‑93 (MQ=255) aatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCcgcagcgcag > 1:3325396/1‑93 (MQ=255) aatCTGGCGGACCCTGGGGGCGCCACCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCcgcagcgcag < 1:3477477/93‑1 (MQ=255) 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ccAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTc > 1:3158125/1‑93 (MQ=255) cAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCg < 2:147852/93‑1 (MQ=255) gagCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGt > 1:3098375/1‑93 (MQ=255) agCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGtt < 2:3419251/93‑1 (MQ=255) ccGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTaa < 2:2351923/93‑1 (MQ=255) ccGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTaa < 2:3109734/93‑1 (MQ=255) cGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAg > 2:2275010/1‑93 (MQ=255) gTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGt > 1:2875124/1‑93 (MQ=255) 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atatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTCATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtg > 1:3155174/1‑93 (MQ=255) atatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtg < 2:1035598/93‑1 (MQ=255) atatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtg < 1:592455/93‑1 (MQ=255) tatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtgt < 2:236783/93‑1 (MQ=255) tatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtgt < 2:537787/93‑1 (MQ=255) tatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtgt < 2:4724616/93‑1 (MQ=255) tatTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGgtgt > 1:4587787/1‑93 (MQ=255) atTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGCAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGtgtg > 2:2126131/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |