| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 137,057 | G→A | intergenic (‑140/‑26) | yacC ← / → yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 137,057 | 0 | G | A | 98.0% | 690.5 / ‑3.0 | 203 | intergenic (‑140/‑26) | yacC/yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base A (71/128); total (71/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGT > NC_000913/136967‑137146 | agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCAcc < 2:4692562/93‑1 (MQ=255)agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCAcc < 2:181503/93‑1 (MQ=255)agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCAcc < 1:552133/93‑1 (MQ=255) gCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTTACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTTTTTCACCtc > 2:1059208/1‑92 (MQ=255) gCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTg < 1:876598/93‑1 (MQ=255) cgacgaCCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGc < 1:1341043/93‑1 (MQ=255) 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gATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGGCCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATa < 2:1442171/93‑1 (MQ=255) gATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATa < 1:737066/93‑1 (MQ=255) aTTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATaa < 2:3908047/93‑1 (MQ=255) aTTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATaa < 1:4318024/93‑1 (MQ=255) aTTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATaa < 2:3451314/93‑1 (MQ=255) tAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACt > 1:2864910/1‑93 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 1:2989629/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 1:2536003/93‑1 (MQ=255) ttGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGc < 1:4432388/93‑1 (MQ=255) tgtgTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCa < 2:364511/93‑1 (MQ=255) gtgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCaa < 1:491981/93‑1 (MQ=255) gtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcg < 1:1674223/93‑1 (MQ=255) tCTGCGGTTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt < 1:4000112/93‑1 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt < 2:2014424/93‑1 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt > 1:4543482/1‑93 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt < 2:3542072/93‑1 (MQ=255) tCTGCGGATTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt < 1:2918857/93‑1 (MQ=255) gCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgtcgt < 2:4204358/93‑1 (MQ=255) ggCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgtcgtta > 2:2377595/1‑91 (MQ=255) gCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGAt < 1:1709239/93‑1 (MQ=255) tGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTc > 2:1213228/1‑93 (MQ=255) gACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCt > 2:2921367/1‑93 (MQ=255) gACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCt > 2:3126676/1‑93 (MQ=255) cTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaa > 1:2030318/1‑93 (MQ=255) 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ccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAata < 1:163554/93‑1 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt < 2:4273434/93‑1 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt < 2:415259/93‑1 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt > 2:454691/1‑93 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt < 2:919929/93‑1 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt > 2:1537145/1‑93 (MQ=255) tAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTc < 2:1412636/93‑1 (MQ=255) tAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTc < 2:2351920/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |