Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,507,951 | A→G | intergenic (+3/‑76) | b1438 → / → b1439 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,507,951 | 0 | A | G | 99.0% | 649.8 / ‑3.3 | 198 | intergenic (+3/‑76) | b1438/b1439 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (85/111); total (86/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATTTAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTACAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAATACCAGCA > NC_000913/1507861‑1508043 | aTTTAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCa > 2:983534/1‑93 (MQ=255) aTTTAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCa < 2:4475462/93‑1 (MQ=255) tttAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAg > 1:2175774/1‑93 (MQ=255) ttAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGt < 2:712874/93‑1 (MQ=255) tAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGtt < 2:4648983/93‑1 (MQ=255) aaCTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTa < 1:3093185/93‑1 (MQ=255) aaCTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTa > 2:2341583/1‑93 (MQ=255) aaCTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTa < 2:3103414/93‑1 (MQ=255) aCTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCTCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTaa > 1:2476945/1‑93 (MQ=255) aCTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTaa > 1:2033529/1‑93 (MQ=255) aCTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTaa < 1:3311565/93‑1 (MQ=255) tGCATCATGCGACAAAAATTGACGCCGTCCAGTTCGCGGCAAAGGCGCTTGTCAAAGAGTTATCTCTGGCGATGGGTGATTTGCAGGTAACGa > 1:4220414/1‑93 (MQ=255) gCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCTCTGGTGATGGTTTAAATGCAGTTAACGaa > 1:317868/1‑93 (MQ=255) gCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGaa < 1:1917946/93‑1 (MQ=255) catcatGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGaaa < 2:4447979/93‑1 (MQ=255) catcatGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGaaa < 1:2301619/93‑1 (MQ=255) atcatGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGaaaa < 2:2606503/93‑1 (MQ=255) atcatGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGCTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGaaaa > 2:167444/1‑93 (MQ=255) catGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGt < 1:3648603/93‑1 (MQ=255) atGCGACAAAGATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGtt < 2:1646699/93‑1 (MQ=255) atGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGtt < 2:140046/93‑1 (MQ=255) atGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGtt > 2:2279149/1‑93 (MQ=255) tGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTg < 2:3979701/93‑1 (MQ=255) tGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTg > 2:4617584/1‑93 (MQ=255) gCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGt > 2:897092/1‑93 (MQ=255) gACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTct > 2:1260723/1‑92 (MQ=255) gACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCa > 1:544828/1‑93 (MQ=255) aaaaTCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCAtttt > 1:3331127/1‑93 (MQ=255) aaaaTCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCAtttt > 1:2941412/1‑93 (MQ=255) aTCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTaa < 1:1865508/93‑1 (MQ=255) tCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTaac < 2:2252388/93‑1 (MQ=255) aCGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTaacaac < 1:1318629/93‑1 (MQ=255) aCGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTACAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTaacaac > 1:4008629/1‑93 (MQ=255) cGCCGTCCAGCGCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACt < 2:1955850/93‑1 (MQ=255) gCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTg < 1:4581538/93‑1 (MQ=255) tCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGatat > 2:4318138/1‑93 (MQ=255) ccAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGAtata < 2:4177631/93‑1 (MQ=255) ccAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGAtata < 2:1116745/93‑1 (MQ=255) ccAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGAtata < 1:3773579/93‑1 (MQ=255) cAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGATGTCATTTTTAACAACTGATATAg > 1:2005010/1‑93 (MQ=255) aGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGa < 1:4555266/93‑1 (MQ=255) gCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGAc < 2:2377659/93‑1 (MQ=255) cgcgGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGc < 2:2266399/93‑1 (MQ=255) cgcgGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGc < 2:1523725/93‑1 (MQ=255) cgGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCg < 1:2716853/93‑1 (MQ=255) ggCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGa < 1:2330274/93‑1 (MQ=255) cAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAat < 2:3812084/93‑1 (MQ=255) aaaGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAatc < 2:454785/93‑1 (MQ=255) aaGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAatca < 1:1700377/93‑1 (MQ=255) aaGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAataa > 2:1173458/1‑91 (MQ=255) aGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAatcat < 1:1980251/93‑1 (MQ=255) ggCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAatcatc < 2:1718407/93‑1 (MQ=255) ggCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAatcatc < 2:2354502/93‑1 (MQ=255) gcgcTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCt > 1:4428577/1‑93 (MQ=255) gcTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGc > 1:1327399/1‑93 (MQ=255) gcTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGc < 2:1829705/93‑1 (MQ=255) cTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGca < 1:2576270/93‑1 (MQ=255) ttGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGcac < 1:1938068/93‑1 (MQ=255) tGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGcaca < 1:1135053/93‑1 (MQ=255) ggCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACAt > 2:570920/1‑93 (MQ=255) gCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATa < 2:3528339/93‑1 (MQ=255) cAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATaa > 1:4372961/1‑93 (MQ=255) aaaGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAAt > 1:3412560/1‑93 (MQ=255) aaaGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAAt > 2:2682024/1‑93 (MQ=255) aaaGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAAt > 2:2567454/1‑93 (MQ=255) aaaGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTACAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAAt < 1:4529448/93‑1 (MQ=255) aaGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAAtt > 2:1221755/1‑93 (MQ=255) gagTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTAc > 1:804933/1‑93 (MQ=255) gagTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTAc < 2:1877359/93‑1 (MQ=255) gagTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTAc > 2:1369049/1‑93 (MQ=255) gTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGa < 1:966921/93‑1 (MQ=255) tATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGAtt < 2:2907585/93‑1 (MQ=255) tATCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGAtt < 2:886357/93‑1 (MQ=255) aTCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTc > 2:1735661/1‑93 (MQ=255) aTCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTc < 2:4120445/93‑1 (MQ=255) aTCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTc < 2:207437/93‑1 (MQ=255) tCGCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCg < 2:2503950/93‑1 (MQ=255) gCTGGTGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGAt < 2:2507074/93‑1 (MQ=255) 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tGATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGa < 2:1702526/93‑1 (MQ=255) gATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGaa > 2:4385094/1‑93 (MQ=255) gATGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGaa > 2:2532696/1‑93 (MQ=255) tGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGaaaa > 1:709759/1‑93 (MQ=255) tGGTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGaaaa < 2:1308736/93‑1 (MQ=255) gTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGaaaaaa < 1:732893/93‑1 (MQ=255) gTTTAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGaaaaaa < 1:861075/93‑1 (MQ=255) tttAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAAt < 1:834357/93‑1 (MQ=255) tttAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAAt > 1:1585787/1‑93 (MQ=255) tttAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAAt > 1:3549424/1‑93 (MQ=255) tttAATTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAAt > 1:2877487/1‑93 (MQ=255) aTTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAACAAATACca > 2:4509963/1‑93 (MQ=255) aTTGCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTCAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAATACca < 1:3588912/93‑1 (MQ=255) aCAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAATACcagca < 1:973922/93‑1 (MQ=255) | ATTTAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTACAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTGCACATAATTACGATTCGATAATGAAAAAATACCAGCA > NC_000913/1507861‑1508043 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |