| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,587,161 | T→C | I289V (ATT→GTT) | b1505 ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,587,161 | 0 | T | C | 98.6% | 680.6 / ‑1.5 | 211 | I289V (ATT→GTT) | b1505 | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (82/126); total (84/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AATTGCACCGAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAATAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAATTCGCGTTAAGAGCAACACGGTTTT > NC_000913/1587072‑1587250 | aTTGCACCGAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCa > 2:1254502/1‑93 (MQ=255) cACCGAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGt < 2:2926016/93‑1 (MQ=255) ccGAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGa > 1:3684549/1‑93 (MQ=255) caagtGGACCGCTCTTATTGCCGTACTTCAACGTAATTACTTGTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAg < 2:550124/89‑1 (MQ=255) cGAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAg < 2:1077386/93‑1 (MQ=255) cGAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAg < 1:325757/93‑1 (MQ=255) gAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATCCTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGt < 1:3455849/93‑1 (MQ=255) gAATGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGt < 2:2511597/93‑1 (MQ=255) aaTGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGtt > 2:791893/1‑93 (MQ=255) aaTGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGtt > 2:2546937/1‑93 (MQ=255) aTGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTg > 2:2270432/1‑93 (MQ=255) aTGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTg > 1:717647/1‑93 (MQ=255) tGGAACGCTCTTATTCCCGTCCTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTgg < 2:1630908/93‑1 (MQ=255) tGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTgg < 2:2331723/93‑1 (MQ=255) tGGAACGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTgg > 1:498616/1‑93 (MQ=255) aaCTCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGAt < 2:1325482/93‑1 (MQ=255) aaCGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGAt > 1:200401/1‑93 (MQ=255) aaCGCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGCTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGAt > 1:2251068/1‑93 (MQ=255) cGCTCTTATTACCGTCCTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGa < 1:3315250/93‑1 (MQ=255) gCTCTTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAATAGCACCGTGAGTTGGGATGAc > 1:4038018/1‑93 (MQ=255) tgctTATTCCGGTCCTTCAGCTTCATAAATTCTTTCCCGCTGATTTGTGCATTAAATCTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACa < 2:4694389/91‑1 (MQ=255) ctctTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACa < 1:2288045/93‑1 (MQ=255) tctTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAg > 2:3804575/1‑93 (MQ=255) tctTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAg > 2:3600449/1‑93 (MQ=255) ctTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGt < 2:716719/93‑1 (MQ=255) ctTATTACCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGt > 1:924668/1‑93 (MQ=255) ttattaCCGTACTTCAACGTCATTAATGCTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTg < 2:3069744/93‑1 (MQ=255) ttattaCCGTACTTCAACGTCATTAATCCTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTg < 2:1677213/93‑1 (MQ=255) ttaCCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGAcc > 2:4303875/1‑93 (MQ=255) taCCGTACTTCAACGTCATTAATCCTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCa < 1:4631224/93‑1 (MQ=255) taCCGTACTTCAACGTCATTAATCCTTCCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCa < 1:2652563/93‑1 (MQ=255) taCCGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCa > 1:1441198/1‑93 (MQ=255) ccGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACg < 1:464824/93‑1 (MQ=255) ccGTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACg < 1:3652173/93‑1 (MQ=255) ttACTTCCACTTCATAAATCCTTTCCCGCCGATTTGTGAATTACATGTTGCACTGGCAACAGCACCGTGTGTTGGGGTGAAAGTGACCACGGt < 2:4202817/92‑1 (MQ=255) gTACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGt < 1:4180518/93‑1 (MQ=255) tACTTCAGTTTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGtt < 1:4263667/93‑1 (MQ=255) tACTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGtt > 2:4467117/1‑93 (MQ=255) tcTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGttt < 1:2653452/92‑1 (MQ=255) aCTTCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGttt < 2:3519356/93‑1 (MQ=255) ctccAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTc < 1:2564646/90‑1 (MQ=255) ttCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCa < 2:4177028/93‑1 (MQ=255) ttCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCa > 2:1277845/1‑93 (MQ=255) ttCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCa > 1:1831881/1‑93 (MQ=255) tCAACGTCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCAt > 2:2761774/1‑93 (MQ=255) tCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGtt < 1:4394017/93‑1 (MQ=255) tCATTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGtt > 2:3858454/1‑93 (MQ=255) aTTAATACTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCa > 2:1826917/1‑93 (MQ=255) tcTTTCCCGCCGATTTTGTCATTAAATGTTGCTCTGGCGACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTa < 2:652797/92‑1 (MQ=255) aCTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTa > 1:3562615/1‑93 (MQ=255) aCTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTa < 2:519399/93‑1 (MQ=255) aCTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTa < 1:3743394/93‑1 (MQ=255) cTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTAt < 1:813171/93‑1 (MQ=255) cTTTCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTAt > 1:564185/1‑93 (MQ=255) tttCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATc < 1:2042095/93‑1 (MQ=255) ttccccGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATc < 2:1169725/90‑1 (MQ=255) ttCCCGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCt > 1:822814/1‑93 (MQ=255) cccGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGc < 1:449237/93‑1 (MQ=255) cccGCCGATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGc > 1:3133320/1‑93 (MQ=255) ccgccgATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCa > 2:245581/1‑93 (MQ=255) ccgccgATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCa < 2:476375/93‑1 (MQ=255) cgccgATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGATGGGATGCCAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCaa > 2:2322822/1‑93 (MQ=255) gcgATATGTGCATTAAATGTTGCTCGGGCAACAGCCCCGTGAGTTGGGATGACAGTGAACGCGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAgg < 2:1212651/92‑1 (MQ=255) ccgATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAgg > 2:197951/1‑93 (MQ=255) cgATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAggg > 2:2007119/1‑93 (MQ=255) cgATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAggg < 2:3469519/93‑1 (MQ=255) cgATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGCGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAggg < 1:2777674/93‑1 (MQ=255) gATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCCGGGTTTCATCAGGTTCAACATTATCTCCAAgggc > 1:4558912/1‑92 (MQ=255) gATTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGa > 1:1947316/1‑93 (MQ=255) aTTTGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGaa > 2:4270495/1‑93 (MQ=255) tttGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAAt < 2:4626849/93‑1 (MQ=255) tttGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAAt < 1:1092166/93‑1 (MQ=255) tttGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAAt < 2:3201725/93‑1 (MQ=255) ttGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAAtt < 2:4065867/93‑1 (MQ=255) ttGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAAtt < 1:1776197/93‑1 (MQ=255) ttGTGCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAAtt < 1:317285/93‑1 (MQ=255) tgtgCATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAATTc < 1:2169440/93‑1 (MQ=255) cATTAAATGTTGCTCTGGCAACAGCACCGTGAGTTGGGATGACAGTGACCACGGTTTCATCCAGTTCAACATTATCTGCAAGGGAATTCGCGt < 2:1465806/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |