Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,656,923 | T→C | P277P (CCT→CCC) | b1587 → | putative oxidoreductase major subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,656,923 | 0 | T | C | 99.2% | 427.7 / ‑4.5 | 133 | P277P (CCT→CCC) | b1587 | putative oxidoreductase major subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (70/62); total (70/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AAAAGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCTATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGATAA > NC_000913/1656833‑1657012 | aaaaGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACAGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAAGGGCTCCCCAt > 1:1892324/1‑93 (MQ=255) aaGCGCGCGAGAAATCGACCGCGAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTc < 1:371190/93‑1 (MQ=255) aaGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTc > 1:2340553/1‑93 (MQ=255) aGCGCGCGAGAAATCGAACGCGAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCg < 1:4639166/93‑1 (MQ=255) gcgcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGccc < 1:3150237/93‑1 (MQ=255) gcgcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGccc > 1:2473803/1‑93 (MQ=255) gccggagaAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGccc < 2:2770365/89‑1 (MQ=255) gcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCgg > 1:1351047/1‑93 (MQ=255) gcgAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCgg > 2:3010085/1‑93 (MQ=255) gcaagaAATCGAACGCCAAAATGATTGTTCTCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCgg < 1:2520592/90‑1 (MQ=255) gagaAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCTATTCGCCCCGGc > 2:2698432/1‑93 (MQ=255) agaAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCa > 2:753253/1‑93 (MQ=255) aaaTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACTAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCAcc > 2:3112927/1‑93 (MQ=255) aaaTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCAcc < 2:3297477/93‑1 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa > 2:2176452/1‑93 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa < 1:1260118/93‑1 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa < 1:4355780/93‑1 (MQ=255) aTCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGa > 2:1643762/1‑93 (MQ=255) tCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGag > 2:1153726/1‑92 (MQ=255) acGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGAt < 2:3180116/92‑1 (MQ=255) gAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGc > 1:2096417/1‑93 (MQ=255) gAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGc > 1:3096849/1‑93 (MQ=255) aCGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCcg < 2:3325279/93‑1 (MQ=255) ccAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCgcgc < 1:2589124/93‑1 (MQ=255) ccAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCgcgc < 1:1814056/93‑1 (MQ=255) cAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCt < 2:207837/93‑1 (MQ=255) cAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCt > 1:1307616/1‑93 (MQ=255) cAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCt < 1:4394129/93‑1 (MQ=255) cAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCt < 1:1715348/93‑1 (MQ=255) cAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCt > 1:2655630/1‑93 (MQ=255) aaaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTg > 1:3573848/1‑93 (MQ=255) aaaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGCCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCtc > 1:540132/1‑92 (MQ=255) aaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTgg > 2:2063102/1‑93 (MQ=255) aaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTgg < 2:1373909/93‑1 (MQ=255) aaaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTgg > 2:1215277/1‑93 (MQ=255) aaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGt > 1:3545227/1‑93 (MQ=255) aaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGt > 1:270127/1‑93 (MQ=255) aaTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGt > 1:3926959/1‑93 (MQ=255) aTGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGtt > 1:2395721/1‑93 (MQ=255) aTTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCg > 1:3311079/1‑93 (MQ=255) aTTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCg > 2:2986254/1‑93 (MQ=255) gTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGt > 2:4125017/1‑93 (MQ=255) ttATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATTCCGCGCTGGTTGCGGGTa > 1:1732085/1‑93 (MQ=255) ttATCGATCCGCGATATACAGAAACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTa < 1:4199749/93‑1 (MQ=255) aTCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTAtt < 2:59470/93‑1 (MQ=255) aTCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTAtt < 1:871113/93‑1 (MQ=255) tCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGATGGTTGCGGGTATTg > 1:644833/1‑93 (MQ=255) gATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCTATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGcc < 1:2335698/93‑1 (MQ=255) gATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGcc > 1:1747345/1‑93 (MQ=255) tCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTg > 2:1866511/1‑93 (MQ=255) tCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTg > 2:1734903/1‑93 (MQ=255) ccGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTgg > 1:4352756/1‑93 (MQ=255) atatACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTAtt > 2:414970/1‑93 (MQ=255) atatACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTAtt < 2:2251375/93‑1 (MQ=255) atatACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTAtt < 1:3897031/93‑1 (MQ=255) atatACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTAtt < 1:3897032/93‑1 (MQ=255) tataCCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTg > 1:537367/1‑93 (MQ=255) tataCCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTg > 2:1517880/1‑93 (MQ=255) tataCCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGGATTGCCTGGGTATTg > 2:4290626/1‑93 (MQ=255) aCCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGAtt > 1:4093882/1‑93 (MQ=255) ccGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTa < 1:3126101/93‑1 (MQ=255) ccGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTa > 2:3693547/1‑93 (MQ=255) gATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAAc > 1:3948513/1‑93 (MQ=255) tACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGa > 2:2884516/1‑93 (MQ=255) cGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTTGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGaaa > 2:2622978/1‑93 (MQ=255) cGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTACGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACCaaa > 1:2934318/1‑93 (MQ=255) ggCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGaaaa < 2:4578735/93‑1 (MQ=255) gCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAt < 2:3913338/93‑1 (MQ=255) gCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAt > 2:4376798/1‑93 (MQ=255) gCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAt < 1:3701452/93‑1 (MQ=255) tGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAtct > 2:2550865/1‑93 (MQ=255) gCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAtctc < 1:2226367/93‑1 (MQ=255) gCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAtctc < 1:2226366/93‑1 (MQ=255) gCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGGATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAAtctc > 1:4408524/1‑93 (MQ=255) gTCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTg < 1:3836462/93‑1 (MQ=255) tCGTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGa < 2:2596430/93‑1 (MQ=255) gTGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATc > 2:3678407/1‑93 (MQ=255) tGAAGACGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCa > 2:1651594/1‑93 (MQ=255) 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cGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCttt < 1:4410429/93‑1 (MQ=255) cGAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCttt < 1:3281987/93‑1 (MQ=255) gAATGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCtttt < 2:3679693/93‑1 (MQ=255) aaTGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTtc < 2:3916060/93‑1 (MQ=255) aTGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTtct > 2:2404209/1‑93 (MQ=255) aTGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTtct < 2:1454954/93‑1 (MQ=255) aTGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTtct < 2:4254236/93‑1 (MQ=255) tGGCTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTtctc < 2:1172140/93‑1 (MQ=255) cTCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGAt < 2:1947310/93‑1 (MQ=255) tCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGATa < 1:2765652/93‑1 (MQ=255) tCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGATa > 2:2409453/1‑93 (MQ=255) tCCCCATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGATa < 2:1215089/93‑1 (MQ=255) ccccATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGATaa < 1:2069093/93‑1 (MQ=255) ccccATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGATaa < 1:4473404/93‑1 (MQ=255) | AAAAGCGCGCGAGAAATCGAACGCCAAAATGATTGTTATCGATCCGCGATATACCGATACGGCTGCCGGTCGTGAAGACGAATGGCTCCCTATTCGCCCGGGCACCGATGCCGCGCTGGTTGCGGGTATTGCCTGGGTATTGATTAACGAAAATCTCGTTGATCAACCTTTTCTCGATAA > NC_000913/1656833‑1657012 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |