| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,695,310 | T→C | Q252R (CAG→CGG) | hdhA ← | NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,695,310 | 0 | T | C | 98.6% | 435.1 / ‑2.5 | 139 | Q252R (CAG→CGG) | hdhA | NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (77/60); total (78/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCT > NC_000913/1695218‑1695399 | tGCCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCt > 1:3998946/1‑93 (MQ=255) ccAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGt < 1:3696900/93‑1 (MQ=255) cAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTa < 1:1601393/93‑1 (MQ=255) ttATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAccc > 1:4076799/1‑93 (MQ=255) ttATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAccc > 2:603986/1‑93 (MQ=255) ttATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGCAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAccc > 2:1417064/1‑93 (MQ=255) 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aacaacACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTAccc < 2:1445878/93‑1 (MQ=255) aacaacACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTAccc > 1:4649741/1‑93 (MQ=255) acaacaCGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCa > 2:3852967/1‑93 (MQ=255) aacaCGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGc < 2:202195/93‑1 (MQ=255) acacGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCt < 1:212875/93‑1 (MQ=255) cacgcacgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTc < 1:389066/93‑1 (MQ=255) acgcaggCTTGTTTACAGGTCAGTTAGTGTATTAATTGAGATCCCGTACCCCACCTCCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTCCCCAGCTCg < 2:2839579/93‑1 (MQ=255) acgcacgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTTTCCGCTTACCCAGCTCg > 1:4220880/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |