| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,702,726 | T→C | intergenic (‑394/‑247) | b1624 ← / → b1625 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,702,726 | 0 | T | C | 98.8% | 532.7 / ‑2.8 | 169 | intergenic (‑394/‑247) | b1624/b1625 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (63/104); total (64/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
GCGTGGCGAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGT > NC_000913/1702636‑1702815 | gcgtggcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACAtgccgc < 1:2564206/93‑1 (MQ=255) cgtggcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATgccgcc < 2:762357/93‑1 (MQ=255) gtggcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGccc > 2:2834138/1‑93 (MQ=255) gtggcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGccc < 2:3232836/93‑1 (MQ=255) ggcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACCCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGt > 2:1322418/1‑93 (MQ=255) gcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTc < 1:3894736/93‑1 (MQ=255) 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cTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCAc > 1:1412702/1‑93 (MQ=255) tATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACt < 1:2681803/93‑1 (MQ=255) tATCAGCCAACTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACGCAAGTAAGCTCTGCCCTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACt < 1:451646/93‑1 (MQ=255) aTCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACtt < 1:261823/93‑1 (MQ=255) aTCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACtt > 1:1046004/1‑93 (MQ=255) aTCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACtt < 1:689944/93‑1 (MQ=255) cAGCCGCCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGt < 1:2645236/93‑1 (MQ=255) aGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTc > 1:1968474/1‑93 (MQ=255) gCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCg < 1:1685430/93‑1 (MQ=255) gCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCg < 2:4737790/93‑1 (MQ=255) ccACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCgg > 2:3500583/1‑93 (MQ=255) cACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGa < 1:1502992/93‑1 (MQ=255) aCCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGat < 2:3297348/93‑1 (MQ=255) aCCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGat > 1:3497733/1‑93 (MQ=255) ccTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGata < 1:3418082/93‑1 (MQ=255) ccTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGata < 2:1557632/93‑1 (MQ=255) cTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGatat > 2:20455/1‑93 (MQ=255) cTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGatat > 2:718970/1‑93 (MQ=255) tGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATAtt < 2:398667/93‑1 (MQ=255) aCAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGCCATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTaaa > 2:2232454/1‑93 (MQ=255) aCAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTaaa > 2:2232455/1‑93 (MQ=255) aCAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTaaa < 1:1738718/93‑1 (MQ=255) cAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAAc < 2:1890858/93‑1 (MQ=255) agagTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAAcc > 1:1611169/1‑93 (MQ=255) 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tGCTTCGGTACAACACAAGTAGGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATTTTTTCGCTTGTCGGATATTAAACCAGGa < 2:4698974/93‑1 (MQ=255) tGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGa < 1:3985481/93‑1 (MQ=255) gCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGaa > 2:4531769/1‑93 (MQ=255) ttCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAAtt < 1:4615630/93‑1 (MQ=255) tCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAAttt < 1:2585820/93‑1 (MQ=255) cGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCGCTTGTCGGATATTAAACCAGGAATtta < 2:149496/93‑1 (MQ=255) ggTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttat > 1:3695480/1‑93 (MQ=255) gTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCGCTTGTCGGATGTTAAACCAGGAATttatt < 2:1723531/93‑1 (MQ=255) gTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttatt < 1:1466368/93‑1 (MQ=255) gTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttatt < 1:710980/93‑1 (MQ=255) tACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttatta < 2:347296/93‑1 (MQ=255) acaacaCAATAAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCGCTTGTCGAATATTAAACCAGGAATTtattat < 2:2647185/93‑1 (MQ=255) aacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCt < 1:1873474/93‑1 (MQ=255) aacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCt < 2:2581406/93‑1 (MQ=255) acacAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCtt > 2:1392764/1‑93 (MQ=255) acacAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCtt > 1:3597494/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |