Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,839,484 | A→G | intergenic (‑51/‑30) | b1758 ← / → b1759 | putative cytochrome oxidase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,839,484 | 0 | A | G | 98.7% | 481.6 / ‑2.9 | 152 | intergenic (‑51/‑30) | b1758/b1759 | putative cytochrome oxidase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (76/74); total (77/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCATTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTCGC > NC_000913/1839394‑1839572 | tttAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGttt < 1:2764028/93‑1 (MQ=255) tAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGttttt < 2:421149/93‑1 (MQ=255) aaTCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTc < 2:2899773/93‑1 (MQ=255) aaTCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTc < 1:944530/93‑1 (MQ=255) aaTCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTc < 2:695659/93‑1 (MQ=255) aaTCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTc < 1:2110660/93‑1 (MQ=255) cGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCtt < 2:3975816/93‑1 (MQ=255) cGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCtt < 2:1452983/93‑1 (MQ=255) cGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCtt > 1:3862768/1‑93 (MQ=255) cGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCtt > 1:3388420/1‑93 (MQ=255) ggggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTa < 1:1004025/93‑1 (MQ=255) ggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATc > 1:2065385/1‑93 (MQ=255) ggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATc < 2:1076044/93‑1 (MQ=255) ggATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATc < 2:4275484/93‑1 (MQ=255) ggATGAAGATGGCGGTCTAACACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTATCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATAGCGTTTTTAGCATaaa < 2:4215512/93‑3 (MQ=255) gATGAAGATGGCGGTCTAGTACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCt < 2:1668193/93‑1 (MQ=255) gATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCt < 1:3561631/93‑1 (MQ=255) gATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCt < 1:1538220/93‑1 (MQ=255) tGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGc > 1:3072465/1‑93 (MQ=255) tGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGc > 2:2774823/1‑93 (MQ=255) aaGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGccc > 2:3828277/1‑93 (MQ=255) aaGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGccc > 2:904069/1‑93 (MQ=255) gATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCgt > 2:66412/1‑93 (MQ=255) gATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCgt < 1:3731312/93‑1 (MQ=255) gATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCgt < 1:4029567/93‑1 (MQ=255) aTGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCgtg < 1:2021807/93‑1 (MQ=255) ggCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCgtgtg > 2:3472456/1‑93 (MQ=255) ggTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTaa > 1:420995/1‑93 (MQ=255) ggTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTaa > 2:892090/1‑93 (MQ=255) ggTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTaa > 1:1427965/1‑93 (MQ=255) ggTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTaa < 1:3462360/93‑1 (MQ=255) gTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAt > 1:133160/1‑93 (MQ=255) tCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAtt > 1:599162/1‑93 (MQ=255) tCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAtt < 2:1947972/93‑1 (MQ=255) cTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAAttt > 1:4146689/1‑93 (MQ=255) tAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTACTTTa > 1:2676571/1‑93 (MQ=255) aGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTAt > 1:3870889/1‑93 (MQ=255) gCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATg < 1:4484912/93‑1 (MQ=255) cacaGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGa > 1:2809503/1‑93 (MQ=255) caGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGaaa > 1:878762/1‑93 (MQ=255) caGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGaaa < 1:3161802/93‑1 (MQ=255) aGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGaaaa < 2:1816578/93‑1 (MQ=255) ggCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAAt > 1:3775587/1‑93 (MQ=255) ggCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAAt < 1:3582851/93‑1 (MQ=255) cACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGa > 2:3659415/1‑93 (MQ=255) aCTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGAt > 1:130829/1‑93 (MQ=255) tCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTg < 2:749698/93‑1 (MQ=255) tCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTg > 2:1232050/1‑93 (MQ=255) cTTAAATATAAAGCGTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGaa < 1:4730751/93‑1 (MQ=255) cTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGaa > 2:3297141/1‑93 (MQ=255) cTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGaa < 2:1465129/93‑1 (MQ=255) cTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGaa > 1:2405172/1‑93 (MQ=255) tAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgt < 1:1819999/93‑1 (MQ=255) aaTATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAgttg > 1:1418574/1‑93 (MQ=255) taAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgc > 1:4495099/1‑93 (MQ=255) taAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgc > 1:4706888/1‑93 (MQ=255) taAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgc < 2:365953/93‑1 (MQ=255) taAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCATTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgc > 1:4739378/1‑93 (MQ=255) aaaGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgcc > 2:1218706/1‑93 (MQ=255) aaGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgccg > 1:1922768/1‑93 (MQ=255) aGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgccgc > 2:4311222/1‑93 (MQ=255) gCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTgccgcc > 2:1545621/1‑93 (MQ=255) ccTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCca < 2:1579410/93‑1 (MQ=255) cTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcat > 1:2143264/1‑93 (MQ=255) cTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcat > 2:276685/1‑93 (MQ=255) tttCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcatc > 2:4020853/1‑93 (MQ=255) tttCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcatc < 1:1173077/93‑1 (MQ=255) tttCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcatc > 2:2288467/1‑93 (MQ=255) tttCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcatc > 1:2304185/1‑93 (MQ=255) tCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCcatcat < 1:1828005/93‑1 (MQ=255) cTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCAtt < 1:4179479/93‑1 (MQ=255) gATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGa < 1:1761806/93‑1 (MQ=255) gATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGa < 1:2506436/93‑1 (MQ=255) aTTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGaa < 1:2876421/93‑1 (MQ=255) ttGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAAc > 1:2913358/1‑93 (MQ=255) ttGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAAc > 2:439930/1‑93 (MQ=255) gCAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGa > 1:3289012/1‑93 (MQ=255) cAACAGTGCGGATATTATGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGCGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGAt > 1:3400613/1‑93 (MQ=255) 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ttatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACt < 2:4618696/93‑1 (MQ=255) ttatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACt > 1:2268930/1‑93 (MQ=255) tatGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTc < 2:3330400/93‑1 (MQ=255) atGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTcg < 2:2986005/93‑1 (MQ=255) tGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTcgc < 2:3120629/93‑1 (MQ=255) tGGCGTTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTcgc < 1:519135/93‑1 (MQ=255) | GTTTAATCCGGGGATGAAGATGGCGGTCTAGCACAGGCACTCCTTAAATATAAAGCCTTTCTGATTGAGCAACAGTGCGGATATTATGGCATTTTTCGCTTATCTGCCCGTGTGTAATTTATGAAAATGATTGAAGTTGTTGCCGCCATCATTGAACGTGATGGCAAAATTTTACTCGC > NC_000913/1839394‑1839572 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |