Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,108,194 | T→C | Q283R (CAG→CGG) | rfbA ← | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,108,194 | 0 | T | C | 99.4% | 583.7 / ‑4.9 | 178 | Q283R (CAG→CGG) | rfbA | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (84/93); total (84/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
AAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGA > NC_000913/2108104‑2108283 | aCTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCAt < 1:4209791/93‑1 (MQ=255) ggCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAattat > 1:2958602/1‑93 (MQ=255) ggCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAattat < 1:2474649/93‑1 (MQ=255) gCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAattatt < 2:3684409/93‑1 (MQ=255) tCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCt < 2:4533797/93‑1 (MQ=255) tCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCt > 2:132763/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |