| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,195,623 | T→C | intergenic (+1270/‑2676) | metG → / → yehI | methionine tRNA synthetase/putative regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,195,623 | 0 | T | C | 99.5% | 637.0 / ‑5.1 | 193 | intergenic (+1270/‑2676) | metG/yehI | methionine tRNA synthetase/putative regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (109/83); total (109/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ATGAGCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGTATTACAGGAGCAAGGTGTTGCA‑GCCCTGCCCCGATTTGCTCCCTATGCCGCAAGTGACTACTGCGCCGATGTGTTGCGTCATATCAATC > NC_000913/2195533‑2195712 | tgaGCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCAtt > 2:1777564/1‑93 (MQ=255) gCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACa < 2:1048620/93‑1 (MQ=255) gCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACa < 2:1623691/93‑1 (MQ=255) gCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACa < 2:1274925/93‑1 (MQ=255) gCACATTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACa > 2:3944670/1‑93 (MQ=255) acaTTCTTGCCTCATTAGAAAAATATCACGAACCATATGCCATTTTTGATGATTACTATTGTGGTGCGATATGGTCAGCCACCGCATTACAgg > 2:305104/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |