Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,754,691 | T→C | V171A (GTT→GCT) | intA → | prophage CP4‑57 integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,754,691 | 0 | T | C | 99.5% | 590.0 / ‑4.8 | 182 | V171A (GTT→GCT) | intA | prophage CP4‑57 integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (81/100); total (82/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.47e-01 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGTTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAA > NC_000913/2754601‑2754780 | aaTCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcg > 2:177122/1‑93 (MQ=255) aaTCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcg < 2:2255424/93‑1 (MQ=255) aaTCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcg > 1:2677787/1‑93 (MQ=255) aTCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcgc > 2:311616/1‑93 (MQ=255) tCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcgcc < 2:2951309/93‑1 (MQ=255) tCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcgcc < 2:2897743/93‑1 (MQ=255) ggTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGCGCATTAGAGACTGCTcgccgc > 1:794228/1‑93 (MQ=255) gTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGTTGCATTAGAGACTGCTCgccgcc > 2:2627755/1‑93 (MQ=255) tGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCt < 1:921082/93‑1 (MQ=255) gATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCtt < 2:2477702/93‑1 (MQ=255) gATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCtt > 2:2904226/1‑93 (MQ=255) atatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCttt > 2:1392498/1‑93 (MQ=255) atatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCttt < 1:3119991/93‑1 (MQ=255) tatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTg > 1:2448197/1‑93 (MQ=255) tatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTg < 1:3970223/93‑1 (MQ=255) tatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTg > 2:1187609/1‑93 (MQ=255) tCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTc > 2:3464420/1‑93 (MQ=255) cAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCa > 2:1703336/1‑93 (MQ=255) cAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCa > 2:3946888/1‑93 (MQ=255) tATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCg > 2:306423/1‑93 (MQ=255) tCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTa > 2:84590/1‑93 (MQ=255) tCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTa < 2:4249629/93‑1 (MQ=255) 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gagaTTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAAc > 1:3726355/1‑93 (MQ=255) ttAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAg > 1:1255636/1‑93 (MQ=255) ttAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAg < 1:2259409/93‑1 (MQ=255) aaGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTc > 2:3973739/1‑93 (MQ=255) aaGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTc < 1:4577111/93‑1 (MQ=255) ggCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCAt > 2:785935/1‑93 (MQ=255) gCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATg > 1:1021546/1‑93 (MQ=255) gCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATg > 1:1021545/1‑93 (MQ=255) tCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAt > 2:1495821/1‑93 (MQ=255) tCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAt < 2:1326342/93‑1 (MQ=255) tCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAt > 1:3323000/1‑93 (MQ=255) cATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAtt < 1:2272764/93‑1 (MQ=255) aTACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAttt < 2:1109580/93‑1 (MQ=255) tACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGCATTAACGAAGTCATGATTTa > 2:4679666/1‑93 (MQ=255) aCTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCGGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTAt < 1:3843920/93‑1 (MQ=255) tctGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgc > 1:3997870/1‑93 (MQ=255) tGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgcgc > 1:177407/1‑93 (MQ=255) tgTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAAGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCa < 1:2632300/92‑1 (MQ=255) ggTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCa < 1:1201994/93‑1 (MQ=255) gTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAg > 1:2150013/1‑93 (MQ=255) aaaGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAac < 2:2636688/93‑1 (MQ=255) aaaGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAac < 2:3091154/93‑1 (MQ=255) aaGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAaca < 2:2162618/93‑1 (MQ=255) aaGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAaca > 1:3254172/1‑93 (MQ=255) gCAGTTCAGCCGGTTTAGGACAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAAcaca < 1:4075841/93‑1 (MQ=255) gCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAAcaca < 1:669240/93‑1 (MQ=255) cAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAg < 1:3700175/93‑1 (MQ=255) cAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAg < 1:2547973/93‑1 (MQ=255) cAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAg < 2:4365237/93‑1 (MQ=255) gTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGc < 2:3705194/93‑1 (MQ=255) ttCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGcc < 1:3573572/93‑1 (MQ=255) ttCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGcc < 1:558116/93‑1 (MQ=255) tCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCt < 1:1621777/93‑1 (MQ=255) aGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGTCtga < 1:46358/93‑1 (MQ=255) aGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtga > 2:4481656/1‑93 (MQ=255) gCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgat < 2:772476/93‑1 (MQ=255) gCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgat > 1:4125124/1‑93 (MQ=255) ggTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattga < 1:3096783/93‑1 (MQ=255) ggTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattga > 1:1452421/1‑93 (MQ=255) ggTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattga > 2:361540/1‑93 (MQ=255) gTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattgat > 2:1820773/1‑93 (MQ=255) gTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattgat < 1:1147733/93‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattgat > 1:4229267/1‑93 (MQ=255) ttCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATg > 1:3248273/1‑93 (MQ=255) aGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACATGCCTGATTGATGCTg > 1:2885942/1‑93 (MQ=255) aGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTg > 1:2993726/1‑93 (MQ=255) aGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTg > 1:1672280/1‑93 (MQ=255) aGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTg < 2:2832700/93‑1 (MQ=255) 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ggTGCATTAGAGGCTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAGTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgt > 2:2586729/1‑93 (MQ=255) ggTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgt < 2:3409154/93‑1 (MQ=255) ggTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgt > 1:4477114/1‑93 (MQ=255) gTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgtg < 1:4305264/93‑1 (MQ=255) gTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgtg < 2:3275879/93‑1 (MQ=255) cATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTaa < 2:3914558/93‑1 (MQ=255) atgagagACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTaaa < 1:4230642/90‑1 (MQ=255) ttAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAat < 1:2971038/93‑1 (MQ=255) ttAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAat > 1:1956502/1‑93 (MQ=255) tAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAata < 2:3208/93‑1 (MQ=255) agaCTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCg < 2:3536693/93‑1 (MQ=255) gaCTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCgg < 2:635065/93‑1 (MQ=255) aCTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGa < 1:1133766/93‑1 (MQ=255) cTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGaa > 1:931585/1‑93 (MQ=255) | CAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGTTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAA > NC_000913/2754601‑2754780 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |