Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,822,541 | T→C | Q353Q (CAA→CAG) | mltB ← | membrane‑bound lytic murein transglycosylase B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,822,541 | 0 | T | C | 96.9% | 490.3 / 3.2 | 161 | Q353Q (CAA→CAG) | mltB | membrane‑bound lytic murein transglycosylase B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/4); new base C (76/80); total (77/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-01 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AGGAGGATTCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCTTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGTTCGGCAGACCGTACCAGTACTG > NC_000913/2822452‑2822630 | aggaggATTCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGt > 1:2709542/1‑93 (MQ=255) gaggaTTCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTcc > 2:4186665/1‑93 (MQ=255) aggaTTCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCt > 2:4296156/1‑93 (MQ=255) ggaTTCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTa < 1:3153530/93‑1 (MQ=255) gaTTCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTaa > 2:4262227/1‑93 (MQ=255) aTTCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAAc < 1:4021602/93‑1 (MQ=255) ttCAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACt < 1:3300076/93‑1 (MQ=255) cAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGc < 1:1761149/93‑1 (MQ=255) cAGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGc < 1:946413/93‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGcc > 1:1400407/1‑93 (MQ=255) aGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGcc > 1:3581690/1‑93 (MQ=255) aGAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGcc > 2:885743/1‑93 (MQ=255) gAAAAAAGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCa < 2:2751828/93‑1 (MQ=255) aaaGCTGATTAGCCAGAGGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCCCGGCCTGTCCTAACTGCCAGAcc > 2:2537524/1‑93 (MQ=255) 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agagGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATg < 1:3006875/93‑1 (MQ=255) agagGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATg < 1:4091350/93‑1 (MQ=255) agGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATggg < 2:3191840/93‑1 (MQ=255) gggAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGt < 2:1433284/93‑1 (MQ=255) gggAACCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCTTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGt < 2:2204156/93‑1 (MQ=255) ggAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCCGACCGCCATTGCGTAATGGGTg > 2:2401288/1‑93 (MQ=255) gAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGc < 2:1275712/93‑1 (MQ=255) gAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGc > 1:1868651/1‑93 (MQ=255) 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aCGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGtt > 1:2778501/1‑93 (MQ=255) cccccccTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGt < 2:1256955/92‑1 (MQ=255) ccccTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAAc < 2:3448016/93‑1 (MQ=255) ccccTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAAc > 1:1061886/1‑93 (MQ=255) cccTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACg < 1:1096270/93‑1 (MQ=255) ccTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACgg > 1:3479573/1‑93 (MQ=255) ccTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACgg > 2:1925903/1‑93 (MQ=255) tctTGTACATAGCTACTGTAGTCGCGCCAGCGCCACAGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATCGGCGCTGTGGTTGTAACgggg > 2:3589296/1‑92 (MQ=255) tctTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGt < 1:3168576/93‑1 (MQ=255) cctggTAAATAGCTACGGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGt < 1:195402/89‑1 (MQ=255) ctTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTg < 2:596937/93‑1 (MQ=255) ctTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTg > 1:3370720/1‑93 (MQ=255) tGTAAATAGCTCCTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGAt < 2:2679435/93‑1 (MQ=255) tGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGAt < 1:2439416/93‑1 (MQ=255) tGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGAt < 2:1788317/93‑1 (MQ=255) tGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGAt > 2:2894512/1‑93 (MQ=255) 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gCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGGAATGGGTGCTGTGGGTGTAACGGGTGATGGTGTAGa < 2:3353515/93‑1 (MQ=255) cTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGaa < 2:3852688/93‑1 (MQ=255) tACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAg < 2:1388850/93‑1 (MQ=255) aCTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGt < 1:4653932/93‑1 (MQ=255) aCTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGt > 1:4702788/1‑93 (MQ=255) aCTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGt > 1:2840943/1‑93 (MQ=255) tGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCTTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGTTc > 1:1588502/1‑93 (MQ=255) tGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCAATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGTTc < 1:2311795/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |