Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,902,688 | A→G | intergenic (+1292/+81) | ygcE → / ← ygcF | putative kinase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,902,688 | 0 | A | G | 99.0% | 328.6 / ‑5.2 | 103 | intergenic (+1292/+81) | ygcE/ygcF | putative kinase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (77/25); total (78/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACCGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGAGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCAATA > NC_000913/2902599‑2902778 | aCCGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGtt > 2:373335/1‑93 (MQ=255) ccGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGttt < 2:3613451/93‑1 (MQ=255) ccGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGttt > 2:4558002/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTc > 1:2182427/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGGTTTc > 2:1289941/1‑93 (MQ=255) cAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCa < 1:3576765/93‑1 (MQ=255) aataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCag > 2:2712396/1‑93 (MQ=255) aataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCag > 1:601131/1‑93 (MQ=255) ataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATTGGTAAAATGGAGGGGTTTTCaga > 2:2627275/1‑93 (MQ=255) ataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCaga > 2:67579/1‑93 (MQ=255) aatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAgg > 1:3502998/1‑93 (MQ=255) ttttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGca > 1:4644594/1‑92 (MQ=255) ttttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCg > 1:1228000/1‑93 (MQ=255) ttttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCg > 1:4428496/1‑93 (MQ=255) tttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGa < 2:485022/93‑1 (MQ=255) tttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGa < 2:3773346/93‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 2:3471928/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 2:717299/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 2:1021758/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCT‑GATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaaa > 2:1359356/1‑92 (MQ=255) tCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaaca > 1:3768611/1‑93 (MQ=255) tCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaaca > 2:2223408/1‑93 (MQ=255) tCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaaca > 1:2172022/1‑93 (MQ=255) ccAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAACATGGAGGGGATTTCAGAGGCGacaaacaa > 2:3970664/1‑93 (MQ=255) ccAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaacaa > 2:3970665/1‑93 (MQ=255) ccAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaacaa > 2:4533591/1‑93 (MQ=255) ccAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaacaa > 2:2908253/1‑93 (MQ=255) aGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAata > 2:1869410/1‑93 (MQ=255) cGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAAtata < 2:4607683/93‑1 (MQ=255) cGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAAtata > 2:2131986/1‑93 (MQ=255) 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aTTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAg < 2:626328/93‑1 (MQ=255) ttAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAga > 1:3912419/1‑92 (MQ=255) ttAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGt > 1:3252096/1‑93 (MQ=255) aaTGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAg > 2:3336128/1‑93 (MQ=255) aTGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGa > 2:1304145/1‑93 (MQ=255) ccACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGt > 2:1185454/1‑93 (MQ=255) ccACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGt < 2:1274850/93‑1 (MQ=255) ccACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGt > 2:2979064/1‑93 (MQ=255) cacaGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTc > 2:2483139/1‑93 (MQ=255) acaGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCt > 2:3433714/1‑93 (MQ=255) aGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCttt < 2:4437899/93‑1 (MQ=255) gAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTa > 2:831898/1‑93 (MQ=255) aaTTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGTGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTAc > 1:841973/1‑93 (MQ=255) aTTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACa > 1:4108073/1‑93 (MQ=255) gTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGtt > 2:295571/1‑93 (MQ=255) tAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTc > 2:178687/1‑93 (MQ=255) gagaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCa > 2:2562099/1‑93 (MQ=255) gagaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCa > 1:4509491/1‑93 (MQ=255) gagaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGGCTTTACAGGTTCCa > 2:1787311/1‑93 (MQ=255) gaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTGAGAGGCGACAAACAATACAAGTGAGTAGAAGTCTTTACAGGGTacaca > 1:180052/1‑92 (MQ=255) gaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCAcc > 1:180051/1‑93 (MQ=255) gaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCAcc < 1:512780/93‑1 (MQ=255) gaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGCTCCAcc > 1:1890594/1‑93 (MQ=255) aaTGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCAccc > 1:380232/1‑93 (MQ=255) 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aTGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTtata > 2:3930776/1‑93 (MQ=255) gATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAAc < 2:4032005/93‑1 (MQ=255) ttAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGc > 1:176716/1‑93 (MQ=255) ttAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGATTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGATCCACCCATTTATAACGc > 2:3506431/1‑93 (MQ=255) tAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGAGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCt > 2:3994511/1‑93 (MQ=255) gCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTta > 2:4658800/1‑93 (MQ=255) gCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTta > 1:1591003/1‑93 (MQ=255) ccTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTtata > 1:4301322/1‑93 (MQ=255) ccTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTtata > 2:4530854/1‑93 (MQ=255) cTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaa > 1:3535062/1‑93 (MQ=255) cTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaa > 1:2183878/1‑93 (MQ=255) ggATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAAt > 2:2044334/1‑93 (MQ=255) ggATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAAt > 1:406921/1‑93 (MQ=255) ggATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAAt > 2:3382291/1‑93 (MQ=255) gATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATg > 2:1831024/1‑93 (MQ=255) gATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATg > 1:194219/1‑93 (MQ=255) 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aaaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCa < 1:2643901/93‑1 (MQ=255) aaaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCa < 1:4443300/93‑1 (MQ=255) aaaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCa < 1:1655539/93‑1 (MQ=255) tGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGc < 2:1079576/93‑1 (MQ=255) tGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGc > 1:2648170/1‑93 (MQ=255) ggagTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCAata < 2:4530877/93‑1 (MQ=255) | ACCGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGAGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCAATA > NC_000913/2902599‑2902778 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |