| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,935,409 | T→C | intergenic (+28/‑51) | fucI → / → fucK | L‑fucose isomerase/L‑fuculokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,935,409 | 0 | T | C | 98.9% | 565.2 / ‑3.2 | 178 | intergenic (+28/‑51) | fucI/fucK | L‑fucose isomerase/L‑fuculokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (90/86); total (92/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
ATGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGTCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTATGAAACAA > NC_000913/2935319‑2935498 | aTGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGTCg > 1:3827933/1‑93 (MQ=255)aTGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCg > 1:3798379/1‑93 (MQ=255)aTGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCg > 2:104295/1‑93 (MQ=255) tGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGc > 1:3701267/1‑93 (MQ=255) tGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGc < 1:4383549/93‑1 (MQ=255) tGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGc < 2:3425665/93‑1 (MQ=255) atatTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTcc < 2:830547/93‑1 (MQ=255) atatTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTcc < 2:2652209/93‑1 (MQ=255) atatTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTcc < 2:3472082/93‑1 (MQ=255) tatTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCg > 1:2976288/1‑93 (MQ=255) ttGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGc > 2:4492182/1‑93 (MQ=255) ttGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGc > 1:2582361/1‑93 (MQ=255) gAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCtc > 1:741974/1‑92 (MQ=255) aGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTAcc < 2:3341408/93‑1 (MQ=255) aGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTAcc < 2:1746897/93‑1 (MQ=255) aGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTAcc > 2:237095/1‑93 (MQ=255) ggCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCg > 1:544002/1‑93 (MQ=255) gCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCgg < 1:2043666/93‑1 (MQ=255) gCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCgg > 1:3294947/1‑93 (MQ=255) gCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCgg < 1:434838/93‑1 (MQ=255) gCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCgg < 2:3361392/93‑1 (MQ=255) ccAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCggg < 1:1020721/93‑1 (MQ=255) ccAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCggg > 2:391362/1‑93 (MQ=255) ccAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCggg > 1:3865449/1‑93 (MQ=255) cAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGc > 2:4386344/1‑93 (MQ=255) cAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGc > 1:4130800/1‑93 (MQ=255) aGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGcc > 2:1329851/1‑93 (MQ=255) ggATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCt > 2:810682/1‑93 (MQ=255) ggATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCt > 2:1972796/1‑93 (MQ=255) gATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCtc > 1:1024645/1‑92 (MQ=255) ttACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGaa > 1:32098/1‑93 (MQ=255) ttACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGaa < 1:1325797/93‑1 (MQ=255) tccGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAAca < 2:1187980/92‑1 (MQ=255) ccGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAAcaa < 1:3677347/93‑1 (MQ=255) cgcgCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAAcaag > 2:3937541/1‑93 (MQ=255) cgcgCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAAcaag < 2:2108276/93‑1 (MQ=255) gcgcTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAAcaagc > 2:2134567/1‑93 (MQ=255) gcTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAAcaagcaa < 2:721720/93‑1 (MQ=255) ttGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAaga > 1:3484194/1‑93 (MQ=255) gCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGt < 1:4561158/93‑1 (MQ=255) ccAGAACTCCGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTg < 1:1596165/93‑1 (MQ=255) ccAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTg > 1:776993/1‑93 (MQ=255) aGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGt > 1:4724300/1‑93 (MQ=255) aGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGt < 2:2226289/93‑1 (MQ=255) aGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGt < 2:208383/93‑1 (MQ=255) gAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGtt > 2:3302434/1‑93 (MQ=255) gAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGtt > 2:1534612/1‑93 (MQ=255) gAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGtt > 2:440626/1‑93 (MQ=255) gAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGtt > 1:2300379/1‑93 (MQ=255) gAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGtt > 2:3590919/1‑93 (MQ=255) gAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGtt < 1:821409/93‑1 (MQ=255) gAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCCGGGCTGAACAAGCAAGAGAgggt > 2:2402102/1‑91 (MQ=255) aaCTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTa < 2:1211574/93‑1 (MQ=255) aaCTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTa < 1:1904115/93‑1 (MQ=255) aCTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAg < 2:3151437/93‑1 (MQ=255) cTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGc > 1:3638773/1‑93 (MQ=255) tACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGcc > 2:2032612/1‑93 (MQ=255) aCGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCg < 1:1469037/93‑1 (MQ=255) aCGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCg > 1:3409574/1‑93 (MQ=255) cGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCgg > 1:1783538/1‑93 (MQ=255) ggTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGa > 2:3380290/1‑93 (MQ=255) ggTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGa < 1:632648/93‑1 (MQ=255) gTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGGCGGAt > 2:306089/1‑93 (MQ=255) gTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGAt < 2:3066291/93‑1 (MQ=255) tCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATa > 2:2077044/1‑93 (MQ=255) tCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATa < 2:2719343/93‑1 (MQ=255) tCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATa < 1:4473555/93‑1 (MQ=255) cGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAg > 1:2780194/1‑93 (MQ=255) tGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGcca > 2:4574127/1‑91 (MQ=255) tGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCaa < 2:656719/93‑1 (MQ=255) 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tgatgCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTAt < 1:2948405/93‑1 (MQ=255) tgatgCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTAt > 2:3605936/1‑93 (MQ=255) gCCCGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTATGaaa > 2:4334582/1‑93 (MQ=255) ccccGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTATGaaa < 2:968596/92‑1 (MQ=255) ccGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTATGAAACa < 2:495863/93‑1 (MQ=255) ccGGCCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTATGAAACa < 1:4747171/93‑1 (MQ=255) | ATGGATATTGAAGGCCAGGATTACCGCGCTTGCCAGAACTACGGTCCGTTGTACAAGCGTTAATACATTACTCCCTGATGTGATGCCCGGTCGCTCCGGCTACCGGGCCTGAACAAGCAAGAGTGGTTAGCCGGATAAGCAATGTTATCCGGCTATATTGCAGGAGCGATTATGAAACAA > NC_000913/2935319‑2935498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |