| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 405,539 | A→G | intergenic (+93/‑90) | yaiI → / → aroL | hypothetical protein/shikimate kinase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 405,539 | 0 | A | G | 97.5% | 633.1 / 3.3 | 200 | intergenic (+93/‑90) | yaiI/aroL | hypothetical protein/shikimate kinase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base G (121/74); total (124/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGACCTATTGGGGAAAACCCACGA > NC_000913/405449‑405629 | aaTTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAAt > 1:2532709/1‑93 (MQ=255) ttattaTTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATGGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTAAGTTTCCGTTGAATTTTTTTGTTGCAAtata > 1:2159447/1‑90 (MQ=255) tattatTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGaa < 2:2516290/93‑1 (MQ=255) attattTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGaaa > 2:2169368/1‑93 (MQ=255) attattTACACATCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGaaa > 2:4677545/1‑93 (MQ=255) ttattTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTGCAATCGAAAt < 2:971313/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |