| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,289,431 | T→C | G150G (GGT→GGC) | yraK → | putative fimbrial protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,289,431 | 0 | T | C | 98.1% | 645.5 / ‑2.1 | 208 | G150G (GGT→GGC) | yraK | putative fimbrial protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (111/93); total (113/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGTGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGTCACCAAGCCATTTCTCGGCTCGATGACCAT > NC_000913/3289341‑3289520 | cGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGa < 2:2962205/93‑1 (MQ=255)cGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGa < 1:1516476/93‑1 (MQ=255)cGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGa > 2:1091826/1‑93 (MQ=255) gACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTTCCATGGCGAt > 2:3609705/1‑93 (MQ=255) aCCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATa > 2:2562369/1‑93 (MQ=255) aCCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATa < 2:4611634/93‑1 (MQ=255) 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cacacaGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTgg < 1:2422541/93‑1 (MQ=255) acacaGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGt < 1:1143056/93‑1 (MQ=255) acacaGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGGTAATATTGGt > 2:4356483/1‑93 (MQ=255) acaGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTgg > 1:3134454/1‑92 (MQ=255) acaGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGc > 2:2922191/1‑93 (MQ=255) aGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGa > 2:2435373/1‑93 (MQ=255) aGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGAGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGGTATGCACCCGTTAATATTGCTGCGa > 1:652059/1‑93 (MQ=255) gATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGaa > 2:3548708/1‑93 (MQ=255) tAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAaca > 2:3429523/1‑93 (MQ=255) aaaaaCAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAAcacc < 2:255661/93‑1 (MQ=255) aaaCAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAAcaccac > 1:4641586/1‑93 (MQ=255) aacaacACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACaccacc < 1:2477302/93‑1 (MQ=255) aacaacACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACaccacc > 2:285947/1‑93 (MQ=255) acaacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCt > 2:3284525/1‑93 (MQ=255) caacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCtt < 2:3892975/93‑1 (MQ=255) aacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGTGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCttt > 1:4103801/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |