| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,316,316 | T→C | R13R (CGT→CGC) | argG → | argininosuccinate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,316,316 | 0 | T | C | 98.3% | 757.2 / ‑1.7 | 236 | R13R (CGT→CGC) | argG | argininosuccinate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base C (86/146); total (89/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGC > NC_000913/3316226‑3316405 | gagaGCGGAAATCCAGGCTCATGATCAGTTAATTAAGCAGGGGGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTAtt > 2:2989340/1‑93 (MQ=255) gagaGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCAtt < 1:3932567/93‑1 (MQ=255) gagCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCGACGCATTgg > 1:1804238/1‑93 (MQ=255) gagCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTgg > 1:2641546/1‑93 (MQ=255) gCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTa < 2:4044273/93‑1 (MQ=255) gCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTa > 2:3527228/1‑93 (MQ=255) ggAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATc > 1:3613531/1‑93 (MQ=255) ggAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATc > 1:4377504/1‑93 (MQ=255) gAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCg > 1:4557805/1‑93 (MQ=255) aaaTCCAGGCTCATCATCATTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGc < 2:884145/93‑1 (MQ=255) aaaTCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGc < 1:4001620/93‑1 (MQ=255) aaTCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCt > 2:1565635/1‑93 (MQ=255) aaTCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCt > 1:3171091/1‑93 (MQ=255) aTCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCtt > 1:4453208/1‑93 (MQ=255) aTCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCtt > 1:2462808/1‑93 (MQ=255) ccAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCtttt < 1:4300655/93‑1 (MQ=255) ccAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCtttt < 2:2302323/93‑1 (MQ=255) cAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCttttt > 1:1717127/1‑93 (MQ=255) ggCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCt > 1:1949666/1‑93 (MQ=255) ggCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCt < 2:3669493/93‑1 (MQ=255) cTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTgg > 1:2265656/1‑93 (MQ=255) tcatcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGc < 1:4050349/93‑1 (MQ=255) tcatcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGc < 2:470676/93‑1 (MQ=255) catcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCg > 1:1492612/1‑93 (MQ=255) catcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCg > 2:3562601/1‑93 (MQ=255) atcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCgg < 1:1022355/93‑1 (MQ=255) atcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCgg < 1:3839464/93‑1 (MQ=255) tcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGt > 2:1082855/1‑93 (MQ=255) tcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGt > 2:2643737/1‑93 (MQ=255) tcatcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGt > 2:4571550/1‑93 (MQ=255) catcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTc < 1:2966424/93‑1 (MQ=255) catcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTc > 2:2847972/1‑93 (MQ=255) catcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTc < 1:1213444/93‑1 (MQ=255) atcaGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCt > 1:77856/1‑93 (MQ=255) aGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGa < 1:3124782/93‑1 (MQ=255) aGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGCAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGa > 2:2225081/1‑93 (MQ=255) ttaattaaGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGaca > 1:626967/1‑93 (MQ=255) ttaattaaGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGaca > 1:4244366/1‑93 (MQ=255) ttaattaaGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGaca > 2:3407627/1‑93 (MQ=255) ataattaaGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGaca < 1:1975095/92‑1 (MQ=255) taattaaGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGacac < 2:4238174/93‑1 (MQ=255) taattaaGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGacac < 2:2165622/93‑1 (MQ=255) aattaaGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACAcc < 1:1067135/93‑1 (MQ=255) aattaaGCAGGGGGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACAcc > 2:2040258/1‑93 (MQ=255) aGCAGGGTATTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGc < 1:2826815/93‑1 (MQ=255) aGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGc < 2:3699198/93‑1 (MQ=255) 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ttttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCtgtg < 1:2668157/93‑1 (MQ=255) ttttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCtgtg > 1:3023853/1‑93 (MQ=255) tttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTgg < 1:3427596/93‑1 (MQ=255) ttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa > 2:239062/1‑93 (MQ=255) ttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa < 2:2250162/93‑1 (MQ=255) ttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa < 2:1873937/93‑1 (MQ=255) ttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa > 1:1103054/1‑93 (MQ=255) ttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa < 1:571280/93‑1 (MQ=255) ttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa < 2:3791620/93‑1 (MQ=255) ttATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGa < 2:1209034/93‑1 (MQ=255) aTGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATg < 1:2232576/93‑1 (MQ=255) tGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGc < 2:1784381/93‑1 (MQ=255) tGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGc < 2:818737/93‑1 (MQ=255) acgacgATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGa > 2:737393/1‑93 (MQ=255) cgaTCCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACaaa < 1:914437/93‑1 (MQ=255) gaTTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACaaaa < 1:474241/93‑1 (MQ=255) gaTTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACaaaa < 2:1025545/93‑1 (MQ=255) ttCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAgg < 1:1535769/93‑1 (MQ=255) tctcAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAggg < 2:1646282/93‑1 (MQ=255) ctcAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGa < 1:2037834/93‑1 (MQ=255) tcAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAg < 1:4519969/93‑1 (MQ=255) cAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGc < 2:4460195/93‑1 (MQ=255) aaGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCg < 1:867462/93‑1 (MQ=255) aGCATCTCCCGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCgg < 1:1293601/93‑1 (MQ=255) 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ccGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTAt > 2:1397062/1‑93 (MQ=255) ccGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTAt < 2:1294724/93‑1 (MQ=255) cGGTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATg > 2:1592913/1‑93 (MQ=255) ggTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGc < 2:3899163/93‑1 (MQ=255) ggTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGc < 2:249340/93‑1 (MQ=255) ggTAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGc > 1:4261360/1‑93 (MQ=255) tAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCat < 1:3382588/93‑1 (MQ=255) tAGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCat < 1:2566247/93‑1 (MQ=255) aGGTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCata > 1:1284755/1‑93 (MQ=255) ggTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCatat > 1:4346995/1‑93 (MQ=255) ggTCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCatat > 1:1155241/1‑93 (MQ=255) tCAACGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAATGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATAc < 1:2364392/93‑1 (MQ=255) aaCGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTg > 2:2656117/1‑93 (MQ=255) aCGCATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGc < 2:1809942/93‑1 (MQ=255) | TGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACCAGTGCCGCACTGCTGTGGATGCGACAAAAGGGAGCGGTTCCTTATGCATATACTGC > NC_000913/3316226‑3316405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |