| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 419,492 | T→C | R226R (CGT→CGC) | brnQ → | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 419,492 | 0 | T | C | 98.9% | 295.2 / ‑4.3 | 93 | R226R (CGT→CGC) | brnQ | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (43/49); total (44/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
CATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTC > NC_000913/419402‑419578 | cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta < 2:2315251/93‑1 (MQ=255)cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta < 1:276860/93‑1 (MQ=255)cATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCta > 2:4231782/1‑93 (MQ=255) aTGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtat > 2:1707153/1‑93 (MQ=255) tGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCtata < 2:237931/93‑1 (MQ=255) ggATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAc > 2:133732/1‑93 (MQ=255) ggATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAc > 2:3509354/1‑93 (MQ=255) gATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGGTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATAcc > 1:1675187/1‑93 (MQ=255) aTACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCg > 2:175805/1‑93 (MQ=255) aTACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCg < 2:2669150/93‑1 (MQ=255) tACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGt > 2:3562293/1‑93 (MQ=255) aCGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTc > 1:1071404/1‑93 (MQ=255) aCGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTc < 1:2133282/93‑1 (MQ=255) cTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTgg < 2:3825623/93‑1 (MQ=255) tGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTggg > 1:3865727/1‑93 (MQ=255) gggCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGc < 1:3537909/93‑1 (MQ=255) gggCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGc > 2:2856496/1‑93 (MQ=255) gggCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGc > 1:2543251/1‑93 (MQ=255) gggCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGATGACCCGCTATACCGTCTGGGc > 1:2543252/1‑93 (MQ=255) gcgcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTg < 2:1521501/93‑1 (MQ=255) gcgcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTg < 2:519310/93‑1 (MQ=255) gcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGc > 2:796897/1‑93 (MQ=255) cAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGcc > 2:2916581/1‑93 (MQ=255) cAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGcc < 1:3888919/93‑1 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt > 2:4080272/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt < 2:664944/93‑1 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt < 1:2870248/93‑1 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt > 2:2368624/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCCGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCt > 2:1623291/1‑93 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTg < 1:3452084/93‑1 (MQ=255) tGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGa < 2:1759555/93‑1 (MQ=255) ggTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGAt > 1:3763113/1‑93 (MQ=255) tgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATgg < 1:3337310/93‑1 (MQ=255) tgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATgg < 2:999849/93‑1 (MQ=255) tgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGGTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATgg < 2:999850/93‑1 (MQ=255) gtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGGGCGTTCTCGGGGCGTTACAGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGGTGGCCTGAGGGc > 1:2394913/1‑93 (MQ=255) gtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGc < 2:4395260/93‑1 (MQ=255) gtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGc > 1:2394912/1‑93 (MQ=255) gtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGc < 2:2870886/93‑1 (MQ=255) tGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCggg > 2:3719780/1‑93 (MQ=255) gTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtg < 1:3726375/93‑1 (MQ=255) gTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtg > 1:3056487/1‑93 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt < 2:202283/93‑1 (MQ=255) tATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGgtgt < 1:2585581/93‑1 (MQ=255) ttCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTCCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGCCCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGtt < 2:2260943/92‑1 (MQ=255) tCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTg < 2:4637496/93‑1 (MQ=255) tCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTg > 1:2967967/1‑93 (MQ=255) tCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTg > 1:3852885/1‑93 (MQ=255) cGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGtggtgg > 2:670839/1‑93 (MQ=255) cGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTgg > 2:2630521/1‑93 (MQ=255) cGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTgg > 2:670841/1‑93 (MQ=255) cGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTgg > 2:1512305/1‑93 (MQ=255) ttATTTTTAACGCGGCGCGTGCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTc < 1:2455053/93‑1 (MQ=255) ttATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTc < 2:3722492/93‑1 (MQ=255) tATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCt > 2:1561252/1‑93 (MQ=255) aTTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTg > 2:2573258/1‑93 (MQ=255) aTTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTg < 1:3075693/93‑1 (MQ=255) tAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGActct < 2:1024445/93‑1 (MQ=255) aCGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTctgc > 1:2242008/1‑93 (MQ=255) cgcgGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTctgct < 2:1300322/93‑1 (MQ=255) gcggcgCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTctgctg > 2:2966655/1‑93 (MQ=255) ggcgCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTa > 1:4327252/1‑93 (MQ=255) ggcgCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTa < 1:1610185/93‑1 (MQ=255) cgcgTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTAcc < 2:3257381/93‑1 (MQ=255) gcgTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCt < 1:4534269/93‑1 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGGCTGATGGCGGGGGTTGGGCTGACTCTGCTGTACCTgg > 1:1118010/1‑93 (MQ=255) gTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTgg > 1:1365956/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGGGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc > 1:327959/1‑93 (MQ=255) ttCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCAGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgc < 2:1926304/93‑1 (MQ=255) tctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgcg > 1:2882492/1‑93 (MQ=255) tctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGgcg < 2:920217/93‑1 (MQ=255) gTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGt > 1:2039023/1‑93 (MQ=255) gTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGt < 1:4015042/93‑1 (MQ=255) tGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGtt < 2:129117/93‑1 (MQ=255) tGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGtt < 2:129116/93‑1 (MQ=255) ggCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTc < 1:1596863/93‑1 (MQ=255) ggCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTc < 1:1596864/93‑1 (MQ=255) ggCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTc < 1:2026964/93‑1 (MQ=255) ggCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTc < 1:3989328/93‑1 (MQ=255) ttACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCgcc > 1:4318169/1‑91 (MQ=255) ttACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTc > 1:883724/1‑93 (MQ=255) ttACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTc < 1:2352650/93‑1 (MQ=255) ttACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTc > 1:2663339/1‑93 (MQ=255) tACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCt < 2:4032154/93‑1 (MQ=255) ccGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTgg < 2:3675997/93‑1 (MQ=255) ccGAAGCGCGTCTGCTGACCCGCTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTgg > 1:3251635/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |