| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,496,430 | T→C | I322I (ATT→ATC) | cysG → | uroporphyrinogen III methylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,496,430 | 0 | T | C | 96.0% | 373.5 / 3.7 | 125 | I322I (ATT→ATC) | cysG | uroporphyrinogen III methylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base C (49/71); total (52/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
AGGCAAACGCGTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCACGCATCGCGATTATGCCCAGAG > NC_000913/3496340‑3496519 | aGGCAAACGCGTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATccc < 1:4346471/93‑1 (MQ=255) gCAAACGCGTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGt < 2:1026834/93‑1 (MQ=255) cAAACGCGTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGtt > 1:2275678/1‑93 (MQ=255) aaaCGCGTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGGTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTtc < 1:4573903/93‑1 (MQ=255) aaCGCGTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTtct > 1:2647586/1‑93 (MQ=255) aaCGCGTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGATTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGACACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTtct > 1:3391814/1‑93 (MQ=255) cgcgTGGTGCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCg < 2:2979585/93‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCGGCTGAAAGGTGTCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACCCTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCgg < 2:333936/93‑1 (MQ=255) ggtggtgCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCggt < 1:1995665/92‑1 (MQ=255) gtggtgCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCggtg < 1:463204/93‑1 (MQ=255) tggtgCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCggtgg < 1:2022355/93‑1 (MQ=255) ggtgCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCggtggt < 1:1272965/93‑1 (MQ=255) ggtgCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCggtggt > 2:2366600/1‑93 (MQ=255) ggtgCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCggtggt > 1:3692526/1‑93 (MQ=255) tggggCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTc < 1:3459458/90‑1 (MQ=255) tgCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTc < 1:2163347/93‑1 (MQ=255) tgCGGCTGAAAGGGGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTc < 1:3459457/93‑1 (MQ=255) gCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTcc > 1:3211055/1‑93 (MQ=255) gCGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGCAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTcc < 1:4089544/93‑1 (MQ=255) cGGCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCg < 1:463173/93‑1 (MQ=255) ggCTGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCgg < 1:2178889/93‑1 (MQ=255) tGAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTa > 1:3230073/1‑93 (MQ=255) gAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTAt > 1:3450095/1‑93 (MQ=255) gAAAGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTAt > 2:1781898/1‑93 (MQ=255) aaaGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTAtt > 1:340425/1‑93 (MQ=255) aaaGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTAtt < 2:4405174/93‑1 (MQ=255) aaaGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTAtt > 1:2549812/1‑93 (MQ=255) aaGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTa > 2:3324380/1‑93 (MQ=255) aGGTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTAc < 2:4298097/93‑1 (MQ=255) ggTGGCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTAcc < 1:4384052/93‑1 (MQ=255) ggCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCa < 2:3527168/93‑1 (MQ=255) gCGATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAg < 2:3405046/93‑1 (MQ=255) gATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCt > 1:900852/1‑93 (MQ=255) gATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCt > 2:272036/1‑93 (MQ=255) gATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCt < 2:841081/93‑1 (MQ=255) gATCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCt < 2:841080/93‑1 (MQ=255) aTCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAACCACTGTGCAACGGGGGTATCCCCTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCCGCtt > 1:3821283/1‑93 (MQ=255) aTCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGTTTCCGGGTATTACCGCAGCtt < 2:3087123/93‑1 (MQ=255) aTCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCtt > 1:3911988/1‑93 (MQ=255) aTCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCtt > 1:3821284/1‑93 (MQ=255) tCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTc > 2:66969/1‑93 (MQ=255) tCCGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTc > 2:63443/1‑93 (MQ=255) tCCGTTTATTTGTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTc < 2:1417469/93‑1 (MQ=255) ccGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCt < 2:1853024/93‑1 (MQ=255) ccGTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCt > 2:1914237/1‑93 (MQ=255) gTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTgg > 1:2003764/1‑93 (MQ=255) gTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTgg < 2:463129/93‑1 (MQ=255) gTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTgg > 1:2870306/1‑93 (MQ=255) gTTTATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCACGTTCTCGGTGGTTCCGGGTACTACCGCAGCTTCTgg > 1:4682804/1‑93 (MQ=255) tttATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGt < 1:4523045/93‑1 (MQ=255) ttATTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAATCACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGtt < 2:4390348/93‑1 (MQ=255) aTTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGc > 2:51103/1‑93 (MQ=255) aTTTTTGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTATCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGc < 1:658759/93‑1 (MQ=255) ttttGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGctc < 1:1721001/93‑1 (MQ=255) ttGGCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAGCACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTg < 1:2694621/93‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCt < 1:2191715/93‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCt > 2:481381/1‑93 (MQ=255) gCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCt > 2:2308233/1‑93 (MQ=255) gCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCt > 1:1591112/1‑93 (MQ=255) gCCGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCt > 2:4204799/1‑93 (MQ=255) ccGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTa < 2:2729763/93‑1 (MQ=255) cGTGGTGGCGAAGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTAt > 2:3083959/1‑93 (MQ=255) 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aaGAGCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTc < 2:3563748/93‑1 (MQ=255) agagCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTcc < 1:3200641/93‑1 (MQ=255) agagCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTcc < 1:4544119/93‑1 (MQ=255) gagCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCa < 2:192796/93‑1 (MQ=255) agCTGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATTCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCAc > 1:3096270/1‑93 (MQ=255) tGGAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTGTGCCTATTCGGGTATTCCACTCa > 2:2593356/1‑93 (MQ=255) ggAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCAc < 2:1622943/93‑1 (MQ=255) ggAAACACTGTGCAACGCGGGTATCCCGTTCTCGGTGGTTCCGGGTATTACCGCAGCTTCTGGTTGCTCTGCCTATTCGGGTATTCCACTCAc > 1:3752144/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |