| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,566,875 | A→G | R29R (CGT→CGC) | glgC ← | glucose‑1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,566,875 | 0 | A | G | 98.5% | 409.6 / ‑3.0 | 133 | R29R (CGT→CGC) | glgC | glucose‑1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (99/32); total (101/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TAGACAGCGCAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCACGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGAC > NC_000913/3566784‑3566964 | tAGACAGCGCAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCAc > 2:4549257/1‑93 (MQ=255) aGACAGCGCAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACcgcg > 1:1220076/1‑93 (MQ=255) aGACAGCGCAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACcgcg > 2:2816249/1‑93 (MQ=255) gACAGCGCAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGt < 1:589274/93‑1 (MQ=255) aCAGCGCAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGtc > 2:3611723/1‑93 (MQ=255) gcgcAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGtcctc > 1:1351232/1‑93 (MQ=255) gcgcAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGtcctc > 1:1051327/1‑93 (MQ=255) gcgcAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGtcctc > 2:3779485/1‑93 (MQ=255) cgcAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGtcctcc < 1:2748277/93‑1 (MQ=255) cgcAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGtcctcc < 1:4568598/93‑1 (MQ=255) gcAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTccc > 2:280885/1‑93 (MQ=255) aaaGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGc > 2:3708217/1‑93 (MQ=255) aaGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGcc > 2:3174890/1‑93 (MQ=255) aGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCa < 2:1086269/93‑1 (MQ=255) gTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAg > 2:1803850/1‑93 (MQ=255) cGATAATGCGGAACTTGCCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGTTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTa < 2:2555462/93‑1 (MQ=255) gATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTAt < 1:2299776/93‑1 (MQ=255) aTAATGCGGAACTTCCCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATc < 2:575291/93‑1 (MQ=255) aTAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTTGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATc > 1:3947166/1‑93 (MQ=255) aTAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTAta > 1:1931121/1‑92 (MQ=255) aTAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATc > 1:3144032/1‑93 (MQ=255) aaTGCGGAACTTCCCGCCGAAGTGTCCGGCCGTTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTCCCGCGCCCTCCCGCCAGTATCAg < 2:887464/93‑1 (MQ=255) aggCGAAACTCACCGCGGAGGTGCACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAgg < 2:2614949/91‑1 (MQ=255) aTGCGAACCTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGTTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAgg < 1:140743/93‑1 (MQ=255) gCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGc < 1:3587840/93‑1 (MQ=255) cGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCa > 2:1552034/1‑93 (MQ=255) ggAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCaa > 2:1070504/1‑93 (MQ=255) gAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCCAc > 2:450594/1‑93 (MQ=255) aaCTTACCGCGGAAGTGTACGGCGGGTTTTGCTCGCTTATTGGTAAAATCTTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACa < 2:599983/93‑1 (MQ=255) aCTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAg > 1:2669720/1‑93 (MQ=255) cTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCGCGCCAGTATCAGGGCAACAGa > 2:2969044/1‑93 (MQ=255) cTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGa > 1:802792/1‑93 (MQ=255) ttcccgccgAAGTTTACGGCGGTTGTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGAt < 1:1731375/90‑1 (MQ=255) ttACCGCCGAATTGTACGGCCGTTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTCCCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGAt < 2:4152685/93‑1 (MQ=255) ttACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGAt > 1:4014644/1‑93 (MQ=255) ccgccgAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTc > 1:1516825/1‑93 (MQ=255) ccgccgAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTc > 1:2206923/1‑93 (MQ=255) gccgAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCaa > 1:892323/1‑93 (MQ=255) ccgAAGTGTAGGGCCGTTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAAt < 1:1758065/93‑1 (MQ=255) ccgAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTCCCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAAt < 2:469608/93‑1 (MQ=255) ccgAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAAt < 1:4356984/93‑1 (MQ=255) ccgAAGTGTACGCCCGGTTTTCCTCGCTTATTGTTTAAATCCTTCGGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAAt < 2:209880/93‑1 (MQ=255) cgAGGTGTACGGCTGTTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCCCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATg < 1:2552793/93‑1 (MQ=255) gAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATgg > 1:4490225/1‑93 (MQ=255) aaGTGTCCGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGc < 1:3800988/93‑1 (MQ=255) aaGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGc > 2:3579736/1‑93 (MQ=255) ggtAGGGCCGTTTTTGCTCGCTTATTGTTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGc < 2:1847216/92‑1 (MQ=255) tACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTg < 1:3221595/93‑1 (MQ=255) tACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGATg > 2:3424448/1‑93 (MQ=255) tACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTAGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTg > 1:4652656/1‑93 (MQ=255) ccGGCCGGTTTTGCTCGTTTTTTGGTAAAATCTTTCAGGCGGGTACCGCGCCCTTCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTgg < 2:3855570/92‑1 (MQ=255) cGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGgc > 1:1634242/1‑93 (MQ=255) gCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGgcgc > 1:4100123/1‑93 (MQ=255) gCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGgcgc > 2:1607347/1‑93 (MQ=255) gCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCACGCCAGTATCAGGGCAACATATTTCAATGGCAGCTGgcgc > 1:4544825/1‑93 (MQ=255) ccGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGgcgcg < 2:2097307/93‑1 (MQ=255) cGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGgcgcgc > 2:142731/1‑93 (MQ=255) gTTTTGCTCTCTTATTGGTTAAATCCTTCGGGCGGGTACCGCTCCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCa < 1:917474/93‑1 (MQ=255) gTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCa > 1:2362852/1‑93 (MQ=255) gTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCa > 2:4300517/1‑93 (MQ=255) tttGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTACTCCCGCCAGTATCACGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTTGCGCGCCAAc > 1:1889009/1‑93 (MQ=255) ttGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACa > 1:3543379/1‑93 (MQ=255) 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tATGGGTAAAATCCTTCAGGCGGGTCCCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGAt < 1:2018845/93‑1 (MQ=255) aTTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATc > 1:2441428/1‑93 (MQ=255) ttGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCg > 1:1595065/1‑93 (MQ=255) ggTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCTTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGtt < 1:1431765/93‑1 (MQ=255) ttAAATCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGttct > 2:4106438/1‑93 (MQ=255) aaaTCCTTCGGGCGGGTACCGCGTCCCCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGttcttc < 1:1058853/93‑1 (MQ=255) aaTCCTTCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTtcttct > 2:3957936/1‑93 (MQ=255) aTCCTTCAGGCGGGTACCGCCTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTtctc < 2:3242883/93‑1 (MQ=255) 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ttCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTaaa > 2:1952416/1‑93 (MQ=255) ttCAGGCGGGGACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGAGATCGTTCTTCTCTaaa > 2:1009317/1‑93 (MQ=255) tCAGGCGGGTCCCGCGTCCCCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAAc < 1:324835/93‑1 (MQ=255) tCAGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAAc > 1:425174/1‑93 (MQ=255) cAGGCGGGCACCGCGCCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACt < 2:4048936/93‑1 (MQ=255) aGGCGGGTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTa > 2:240552/1‑93 (MQ=255) ggCGGGTCCCGCGCCCTCCCGCCAGTATCATGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTaa < 2:2483945/93‑1 (MQ=255) ggCGGGTACCGCGTCCTCCCGACAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGGCAGAATTAAGTGATTGTTCTTCTCTAAACtta > 2:11248/1‑91 (MQ=255) ggTCCCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCAt < 2:4292429/93‑1 (MQ=255) ggTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCAt > 2:2186570/1‑93 (MQ=255) ggTACCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCAt > 2:1704043/1‑93 (MQ=255) aCCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGAc > 1:2084009/1‑93 (MQ=255) aCCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGAc > 1:4452532/1‑93 (MQ=255) aCCGCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATCAc > 1:660085/1‑93 (MQ=255) | TAGACAGCGCAAAGTCGATAATGCGGAACTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAATCCTTCAGGCGGGTACCACGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGAC > NC_000913/3566784‑3566964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |