| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,660,679 | T→C | L879P (CTG→CCG) | yhiV → | putative transport system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,660,679 | 0 | T | C | 99.5% | 612.9 / ‑4.7 | 190 | L879P (CTG→CCG) | yhiV | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (103/86); total (104/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTG > NC_000913/3660589‑3660768 | ttCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCgg > 2:2756070/1‑93 (MQ=255) ccGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTc < 1:2801449/93‑1 (MQ=255) cGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCg < 1:2290530/93‑1 (MQ=255) cGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCg < 2:182368/93‑1 (MQ=255) aGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCgtggt < 2:204965/93‑1 (MQ=255) aGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCgtggt > 2:4396809/1‑93 (MQ=255) aGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCgtggt > 1:1905825/1‑93 (MQ=255) ggCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCgtggtg > 2:2795252/1‑93 (MQ=255) gCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGgtgt < 2:1648346/93‑1 (MQ=255) gCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGgtgt < 1:2195514/93‑1 (MQ=255) taggCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTcc < 1:2654379/91‑1 (MQ=255) tCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGTTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTcc > 1:1243288/1‑93 (MQ=255) tCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTcc < 2:675564/93‑1 (MQ=255) tCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTcc > 1:948975/1‑93 (MQ=255) 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tGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCctcgccctcgcc < 1:1450416/93‑1 (MQ=255) ccGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCAc < 2:3262312/93‑1 (MQ=255) ccGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTACTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTAGCCATCGCCGCAc > 1:4032190/1‑93 (MQ=255) cGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTCCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCAct > 1:1831771/1‑93 (MQ=255) ggACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCActc < 1:2036140/93‑1 (MQ=255) gACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCActct < 1:4295002/93‑1 (MQ=255) gACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCActct < 2:609268/93‑1 (MQ=255) gACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACCGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCActct > 2:3693770/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |