| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,705,464 | T→C | intergenic (‑130/+781) | dppA ← / ← proK | dipeptide transport protein/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,705,464 | 0 | T | C | 99.6% | 837.1 / ‑5.3 | 255 | intergenic (‑130/+781) | dppA/proK | dipeptide transport protein/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (149/105); total (150/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTT > NC_000913/3705374‑3705553 | aGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAAc < 1:3041947/93‑1 (MQ=255) aGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAAc < 1:3377182/93‑1 (MQ=255) aGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAAc > 2:1511629/1‑93 (MQ=255) gTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACa > 1:1854208/1‑93 (MQ=255) tGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAg < 2:572087/93‑1 (MQ=255) tGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAg < 2:446530/93‑1 (MQ=255) 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tttgttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGccc > 2:3594263/1‑93 (MQ=255) tgttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCt < 1:3631878/93‑1 (MQ=255) tgttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCt < 2:4724409/93‑1 (MQ=255) gttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTc < 2:148400/93‑1 (MQ=255) tttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGt < 1:3215911/93‑1 (MQ=255) tttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGt > 1:1315953/1‑93 (MQ=255) tttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGt > 1:2992778/1‑93 (MQ=255) tttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGTATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGa < 2:4055235/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |