| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,772,157 | T→C | V36A (GTA→GCA) | mtlD → | mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,772,157 | 0 | T | C | 97.1% | 527.5 / 3.0 | 172 | V36A (GTA→GCA) | mtlD | mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base C (86/81); total (89/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGTACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGC > NC_000913/3772065‑3772244 | ttttGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGCAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTTTCGATGTCAATCAtgtggt > 1:2783938/1‑93 (MQ=255) ttGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCAc < 2:3271357/93‑1 (MQ=255) tGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACt < 2:1379803/93‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACtt > 2:1532828/1‑93 (MQ=255) tcAGCTAATATCGGTCTGTTCGTTATCGTTAATCTGCGGGCAGACTCGAGTATCCAACTGACGTTGGCTGATGTCAATCAGGTGGTTCTTGAt < 2:3293644/92‑1 (MQ=255) gcAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAt > 1:396780/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |