Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,795,982 | A→G | S320P (TCC→CCC) | rfaK ← | putative hexose transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,795,982 | 0 | A | G | 98.9% | 855.8 / ‑1.7 | 268 | S320P (TCC→CCC) | rfaK | putative hexose transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); new base G (164/101); total (167/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCGATATGAACAA > NC_000913/3795892‑3796071 | tctTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGcc > 1:1042704/1‑93 (MQ=255) tctTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGcc > 1:488560/1‑93 (MQ=255) tttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaa > 1:4081969/1‑93 (MQ=255) ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa < 1:1383827/93‑1 (MQ=255) ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa < 1:3414124/93‑1 (MQ=255) ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa > 1:3886823/1‑93 (MQ=255) ttACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTAACGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCaaa > 2:1037652/1‑93 (MQ=255) tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt < 2:4558807/93‑1 (MQ=255) tACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAt < 2:1981818/93‑1 (MQ=255) aCTTAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAAtt > 1:3389253/1‑93 (MQ=255) cTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTa > 2:2927431/1‑93 (MQ=255) tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGTGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa > 1:1926375/1‑93 (MQ=255) tGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaa < 1:4120908/93‑1 (MQ=255) gAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTaaa > 2:3948825/1‑93 (MQ=255) aTTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATg > 1:1560109/1‑93 (MQ=255) aTTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATg > 1:287176/1‑93 (MQ=255) ttAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGc > 1:3720512/1‑93 (MQ=255) tAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCg > 1:3294042/1‑93 (MQ=255) gTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAg > 2:1196336/1‑93 (MQ=255) gTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAg < 1:431301/93‑1 (MQ=255) gTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAg > 2:1571155/1‑93 (MQ=255) ttAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAgg > 2:1832246/1‑93 (MQ=255) aaaGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGa > 1:2053670/1‑93 (MQ=255) aGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGata < 2:4710063/93‑1 (MQ=255) gTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGatat > 1:4603770/1‑93 (MQ=255) tttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATAtt > 1:1532613/1‑93 (MQ=255) tttCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATAtt > 1:2244082/1‑93 (MQ=255) tCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc < 2:3563226/93‑1 (MQ=255) aGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCgg > 2:3281750/1‑93 (MQ=255) aGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGGCCAAATCAAATGCGAGGGATATTCCgg > 1:2146697/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |