| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 477,992 | A→G | intergenic (‑145/+13) | ylaB ← / ← ylaC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 477,992 | 0 | A | G | 99.0% | 635.1 / ‑2.9 | 195 | intergenic (‑145/+13) | ylaB/ylaC | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (95/98); total (95/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTT > NC_000913/477902‑478081 | tggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGtgtg > 1:1349131/1‑93 (MQ=255)tggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGtgtg > 1:372103/1‑93 (MQ=255) ggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGgtgtgt < 1:87120/93‑1 (MQ=255) ggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGgtgtgt > 2:1214269/1‑93 (MQ=255) ggAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGgtgtgt > 1:1811143/1‑93 (MQ=255) agaTAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTaa < 1:1881594/93‑1 (MQ=255) 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tCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCgg < 1:2482721/93‑1 (MQ=255) aTGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgcg < 1:2397761/93‑1 (MQ=255) tGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGgcgc < 2:3943349/93‑1 (MQ=255) aaGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcga < 1:1180764/93‑1 (MQ=255) aGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGcgcgcg > 2:4064447/1‑91 (MQ=255) aGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGcgcgcg > 1:2508344/1‑91 (MQ=255) aGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgag < 2:2447644/93‑1 (MQ=255) gTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCgcgagc < 2:2312698/93‑1 (MQ=255) 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tGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAgg > 1:3829809/1‑93 (MQ=255) ggTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGt < 1:3880578/93‑1 (MQ=255) tGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTaa > 2:1989654/1‑93 (MQ=255) ggAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTaaa < 1:3846903/93‑1 (MQ=255) aaaCGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTaaaaa < 1:1062484/93‑1 (MQ=255) aCGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAata > 1:1910478/1‑93 (MQ=255) cGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAatat < 2:3037635/93‑1 (MQ=255) gATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATc < 1:1390507/93‑1 (MQ=255) gATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATc < 2:1444379/93‑1 (MQ=255) aTCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCg > 2:2093299/1‑93 (MQ=255) aTCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCg > 2:4436513/1‑93 (MQ=255) aTCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCg > 2:1316928/1‑93 (MQ=255) tCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGt > 1:2696244/1‑93 (MQ=255) cATGGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCTTGGTGTGTACCCTTACCTTAAGATGTTGATT‑GGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTaa < 2:3818219/93‑1 (MQ=255) aTTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTaa < 1:767776/93‑1 (MQ=255) gTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTaaaaa < 2:3776872/93‑1 (MQ=255) tCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAg < 1:945224/93‑1 (MQ=255) cATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGa < 2:1224546/93‑1 (MQ=255) cATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGa < 2:2048539/93‑1 (MQ=255) cATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGa > 2:1826556/1‑93 (MQ=255) aTTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGAc < 2:3464514/93‑1 (MQ=255) tttGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACa > 1:4577402/1‑93 (MQ=255) tttGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACa > 1:4118354/1‑93 (MQ=255) ttGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAg < 1:1972334/93‑1 (MQ=255) ttGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAg < 1:494157/93‑1 (MQ=255) ttGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAg < 2:2670479/93‑1 (MQ=255) ttGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAg < 2:4278567/93‑1 (MQ=255) gACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGtt > 2:3519795/1‑93 (MQ=255) cAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCAc > 2:166210/1‑93 (MQ=255) ggCGCAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTACAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCt > 1:98382/1‑93 (MQ=255) gcgcAGAACTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCtt > 1:462037/1‑93 (MQ=255) cgcAGAGCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCttt < 1:1461080/93‑1 (MQ=255) 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agCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGa < 2:3294731/93‑1 (MQ=255) gCTTTACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGAc > 1:1423596/1‑93 (MQ=255) tttACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGa > 1:4048013/1‑93 (MQ=255) tttACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTACACCTTTACGGACGa > 2:3998387/1‑93 (MQ=255) tACGCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATc < 1:695667/93‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGAGTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATc < 1:155311/93‑1 (MQ=255) tcGCCTAGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCa < 2:1482043/92‑1 (MQ=255) gCCTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtt < 2:775731/93‑1 (MQ=255) ccTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAttt < 2:4742438/93‑1 (MQ=255) cTGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttt > 1:3919367/1‑93 (MQ=255) tGGTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAttttt < 1:1082646/93‑1 (MQ=255) ggTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttttt < 1:2020281/93‑1 (MQ=255) ggTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCAtttttt > 2:1377995/1‑93 (MQ=255) ggTGTGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGCTAACCTTTACGTACGATCAtttttt > 2:3677882/1‑93 (MQ=255) | TGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTT > NC_000913/477902‑478081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |