| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,983,543 | (C)5→4 | coding (609/990 nt) | araF ← | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,983,539 | 0 | C | . | 97.2% | 951.7 / 13.4 | 218 | coding (613/990 nt) | araF | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/5); new base . (110/102); total (111/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983448‑1983627 | cgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccc < 1:2031299/93‑1 (MQ=255) cgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccc < 1:2533588/93‑1 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc > 2:2029910/1‑93 (MQ=255) cccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccccg < 2:62029/93‑2 (MQ=255) ccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccccgg > 2:3794291/1‑91 (MQ=255) aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 2:702669/93‑2 (MQ=255) aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 1:2336463/93‑2 (MQ=255) aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga > 2:2178910/1‑92 (MQ=255) gCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAt < 1:5400789/93‑1 (MQ=255) gCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAt < 2:2578724/93‑1 (MQ=255) gCACGGGGCTGTCTTACATACCGACGATCAGCGAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAt < 1:5267445/93‑1 (MQ=255) cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc > 2:733304/1‑93 (MQ=255) cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc < 2:3980240/93‑1 (MQ=255) ggTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCg < 2:1389989/93‑1 (MQ=255) gTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGt < 2:2689980/93‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa < 1:1140004/93‑1 (MQ=255) cTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAg > 1:2154452/1‑93 (MQ=255) tGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGa > 2:1225763/1‑93 (MQ=255) gTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAt < 1:6435194/93‑1 (MQ=255) gTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAt > 1:19353/1‑93 (MQ=255) tCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAtt > 2:2219388/1‑93 (MQ=255) gTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTg > 2:6335101/1‑93 (MQ=255) ttCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTgg < 2:3330472/93‑1 (MQ=255) ttCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTgg > 1:4530919/1‑93 (MQ=255) tCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggt < 1:3581299/93‑1 (MQ=255) cATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggta < 2:4357982/93‑1 (MQ=255) cATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggta > 1:4923984/1‑93 (MQ=255) cATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggta < 2:388314/93‑1 (MQ=255) aTACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtag < 2:5760570/93‑1 (MQ=255) aTACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtag < 1:1557664/93‑1 (MQ=255) tACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtagg > 2:5078131/1‑93 (MQ=255) aCCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggt < 2:5665792/93‑1 (MQ=255) aCCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑ACCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggt > 1:5367640/1‑93 (MQ=255) ccGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggta > 1:1466663/1‑93 (MQ=255) gacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAcc < 2:1291917/93‑1 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt > 2:4711414/1‑93 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt > 1:3079744/1‑93 (MQ=255) cgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTg > 1:3698178/1‑93 (MQ=255) gaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGa < 2:3177618/93‑1 (MQ=255) tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa > 1:5345270/1‑93 (MQ=255) ccAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAtt < 1:3030683/93‑1 (MQ=255) cAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAttt > 2:2977867/1‑93 (MQ=255) aaTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTg > 2:265391/1‑93 (MQ=255) aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt < 2:772374/93‑1 (MQ=255) aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt < 2:3640744/93‑1 (MQ=255) aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt < 1:2654387/93‑1 (MQ=255) aTGTGTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt < 1:2438213/93‑1 (MQ=255) gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt > 2:6627627/1‑93 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 2:4249911/93‑1 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 2:1927154/93‑1 (MQ=255) ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt > 2:5053894/1‑93 (MQ=255) ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt > 2:3240871/1‑93 (MQ=255) aaCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTcc > 1:333979/1‑93 (MQ=255) aaCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTcc < 1:3954584/93‑1 (MQ=255) aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCg > 2:1350159/1‑93 (MQ=255) aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCg < 1:5898867/93‑1 (MQ=255) cTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCgg < 1:6472280/93‑1 (MQ=255) tCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGa < 2:4923835/93‑1 (MQ=255) tCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGa < 1:3559695/93‑1 (MQ=255) ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa < 2:16150/93‑1 (MQ=255) ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa < 2:2946427/93‑1 (MQ=255) ggATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATc < 2:5245598/93‑1 (MQ=255) aTGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTTCGGGAATCCg > 1:5626552/1‑93 (MQ=255) aTGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCg > 2:549265/1‑93 (MQ=255) tGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCgg < 2:590047/93‑1 (MQ=255) tGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCgg < 2:4536068/93‑1 (MQ=255) gTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGc < 2:3128538/93‑1 (MQ=255) gTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGc < 2:1144090/93‑1 (MQ=255) ttGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGcc > 2:790029/1‑93 (MQ=255) ttGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGcc > 1:5697497/1‑93 (MQ=255) 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acttGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCAGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATc > 2:6484162/3‑93 (MQ=255) ttGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCa < 1:692618/93‑1 (MQ=255) tGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCAt < 2:5611750/93‑1 (MQ=255) ggCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATa < 1:99077/93‑1 (MQ=255) ggCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATa > 1:2918867/1‑93 (MQ=255) ggCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATa < 2:5425136/93‑1 (MQ=255) ggCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATa > 1:5055999/1‑93 (MQ=255) cAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGa < 1:2162373/93‑1 (MQ=255) cAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGa < 2:4444626/93‑1 (MQ=255) gCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTCATAACTTTGTTTTTCCGGGAATCGGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATc > 2:3560407/1‑93 (MQ=255) gTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATccc > 2:3504796/1‑93 (MQ=255) gTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATccc < 1:609170/93‑1 (MQ=255) tCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCg > 1:94055/1‑93 (MQ=255) aaaTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCACgta > 1:5865003/1‑93 (MQ=255) | CCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983448‑1983627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |