| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,311,335 | (T)5→4 | intergenic (‑566/‑173) | ompC ← / → yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,311,331 | 0 | T | . | 99.5% | 946.2 / ‑2.8 | 204 | intergenic (‑562/‑177) | ompC/yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (103/100); total (103/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
AAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCTTTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAGAGAAT > NC_000913/2311239‑2311419 | aaaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCt < 1:3432978/93‑1 (MQ=255) aaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCtt < 1:1941476/93‑1 (MQ=255) aaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttt > 1:4270579/1‑93 (MQ=255) aCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCtttt < 1:1387967/93‑1 (MQ=255) aCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCtttt < 1:1580618/93‑1 (MQ=255) cTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttg > 1:2677423/1‑92 (MQ=255) tataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgt < 2:1309230/93‑3 (MQ=255) tataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgt < 1:743466/93‑3 (MQ=255) ataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgta > 2:6452744/1‑90 (MQ=255) ataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgta > 2:6017235/1‑90 (MQ=255) ataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgta > 1:3358981/1‑90 (MQ=255) aCGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGt < 1:4832613/93‑1 (MQ=255) aCGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGt < 2:2530743/93‑1 (MQ=255) aCGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGt > 1:5410652/1‑93 (MQ=255) 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attattTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGga < 2:4282372/93‑1 (MQ=255) attTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGaa < 2:5700691/93‑1 (MQ=255) tttttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAAt > 2:4083223/1‑93 (MQ=255) tttttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAAt > 2:3003590/1‑93 (MQ=255) tttttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAAt > 1:4036226/1‑93 (MQ=255) ttttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATa < 2:5787186/93‑1 (MQ=255) tttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATag < 1:6340395/93‑1 (MQ=255) tttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATag > 2:2416437/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |