| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,957,091 | 2 | . | C | 92.8% | 377.9 / 29.0 | 153 | intergenic (+25/+59) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/11); new base C (8/134); total (8/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑CTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAA‑GCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAAT > NC_000913/3957002‑3957173 || aGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑ccc < 1:5713765/93‑3 (MQ=255)aGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑ccc < 2:602621/93‑3 (MQ=255)aGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑ccc < 1:2461541/93‑3 (MQ=255) gCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑ccct < 2:3752005/93‑1 (MQ=255) cAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑Ccctc < 2:2178166/93‑1 (MQ=255) cAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑Ccctc < 1:1370501/93‑1 (MQ=255) cAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑Ccctc < 2:5042240/93‑1 (MQ=255) ggtaggtaAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑Ccctctc < 2:3782884/93‑3 (MQ=255) taggtaAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑Ccctctccc < 1:2949086/93‑5 (MQ=255) ggtaAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑Ccac < 1:2920408/93‑1 (MQ=38) taAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACag < 1:4521467/93‑1 (MQ=37) aaGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACagg < 1:3506559/93‑1 (MQ=37) aaGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACagg < 1:3266285/93‑1 (MQ=37) aGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACaggg < 1:3934721/93‑1 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atatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAA‑ggcct < 2:3131501/93‑5 (MQ=21) atatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAA‑ggcct < 1:937749/93‑5 (MQ=21) atGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCC‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAAGGCCTtc < 1:3809512/93‑1 (MQ=18) atGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAAGGCCTtc < 2:5321362/93‑1 (MQ=18) atGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAA‑Gcccttc < 2:3919462/93‑5 (MQ=21) gAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAAGGCCTtctc < 2:1458888/93‑1 (MQ=18) aaaCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCGGCC‑‑CTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAAGGCCTTCTcc < 1:882053/93‑1 (MQ=18) aaaCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAAGGCCTTCTcc < 2:4738124/93‑1 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1:1822179/1‑93 (MQ=37) cA‑‑CCCCG‑‑ACCCTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAat < 1:144886/93‑1 (MQ=37) || AGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCA‑‑CCCCG‑‑A‑‑CTCTC‑‑CCACAGGGAGAGGGA‑GAAAACACTCAA‑GCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAAT > NC_000913/3957002‑3957173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |