| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,139,669 | +C | coding (233/330 nt) coding (132/159 nt) |
yijI → b4558 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,139,667 | 1 | . | C | 99.6% | 846.7 / ‑4.1 | 260 | coding (231/330 nt) coding (134/159 nt) | yijI b4558 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (103/156); total (103/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GCTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑C‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCAT > NC_000913/4139575‑4139754 | cTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c < 1:4137192/93‑1 (MQ=255) cTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c < 1:3213516/93‑1 (MQ=255) ttCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑c < 1:5047743/93‑1 (MQ=255) ccTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cct < 2:1113524/93‑3 (MQ=255) ccTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cct > 2:2032236/1‑91 (MQ=255) ccTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cct > 2:4641000/1‑91 (MQ=255) ccTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cct > 2:702346/1‑91 (MQ=255) tGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑ccttg > 2:2119496/1‑89 (MQ=255) tcgtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCgg < 2:4238225/93‑1 (MQ=255) cgtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGt < 1:2357521/93‑1 (MQ=255) gtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTc < 1:2494469/93‑1 (MQ=255) gtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTc < 1:586710/93‑1 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCTATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCa < 2:4821085/93‑1 (MQ=255) cgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAg > 2:1850227/1‑93 (MQ=255) cgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAg < 1:229210/93‑1 (MQ=255) cgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAg > 1:4008840/1‑93 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGt > 1:523569/1‑93 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGt < 1:1446049/93‑1 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGt > 2:4141265/1‑93 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGt < 1:5088342/93‑1 (MQ=255) ccccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc > 2:6062619/1‑93 (MQ=255) ccccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc > 2:4542672/1‑93 (MQ=255) cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcg > 2:1397628/1‑93 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcgc > 2:4499996/1‑93 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcgc > 2:6568343/1‑93 (MQ=255) cGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCa < 1:6707549/93‑1 (MQ=255) ggAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAg > 1:895387/1‑93 (MQ=255) ggAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAg < 1:945396/93‑1 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTTCGCAgt > 1:6045542/1‑92 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAgg < 2:4281551/93‑1 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAgg > 1:2197033/1‑93 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAgg < 2:1331702/93‑1 (MQ=255) gaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGt < 1:732960/92‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGt < 2:1615521/93‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGt < 2:4114673/93‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGt < 2:4896578/93‑1 (MQ=255) aaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGtt < 2:1657085/93‑1 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt < 2:6197446/93‑1 (MQ=255) cAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCGGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATg > 1:1970714/1‑93 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc < 2:3039908/93‑1 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc > 1:3437058/1‑93 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGcc > 2:895230/1‑93 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGcc > 2:2854385/1‑93 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGcc < 2:3839592/93‑1 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGcc > 1:3088668/1‑93 (MQ=255) aaCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAc < 1:6315546/93‑1 (MQ=255) cTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCGAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTCCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTc < 2:5919784/93‑1 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCa < 1:29575/93‑1 (MQ=255) cAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAtt < 1:6681514/93‑1 (MQ=255) cAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAtt < 1:613511/93‑1 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgt > 2:2459576/1‑93 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgt > 1:3283447/1‑93 (MQ=255) tATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgtg > 2:3964683/1‑93 (MQ=255) aTCTCCCGCGAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtga < 1:1330676/93‑1 (MQ=255) aTCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtga > 2:315861/1‑93 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatga < 2:364069/93‑1 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatga < 1:5189441/93‑1 (MQ=255) cccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaa > 2:1707403/1‑93 (MQ=255) cgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaa < 2:5610138/93‑1 (MQ=255) cgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaa > 2:3359341/1‑93 (MQ=255) cgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaa > 1:2730965/1‑93 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa > 1:3763187/1‑93 (MQ=255) aGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTa < 1:1712261/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 1:639791/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 2:1069258/93‑1 (MQ=255) cGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAtt < 1:1176897/93‑1 (MQ=255) cGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAtt < 1:4690235/93‑1 (MQ=255) gTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTa > 2:2587101/1‑93 (MQ=255) gTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTa < 1:5964213/93‑1 (MQ=255) gTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGGTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGAATTa > 2:569280/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |