| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,705,464 | T→C | intergenic (‑130/+781) | dppA ← / ← proK | dipeptide transport protein/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,705,464 | 0 | T | C | 99.6% | 879.6 / ‑5.1 | 269 | intergenic (‑130/+781) | dppA/proK | dipeptide transport protein/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (114/154); total (115/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTT > NC_000913/3705374‑3705553 | gCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCCACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTa > 2:2333503/1‑93 (MQ=255) cAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTaa < 1:117885/93‑1 (MQ=255) aGTTGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAAc < 1:6643953/93‑1 (MQ=255) aGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATTAGCGTAAc > 1:905228/1‑93 (MQ=255) aGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAAc > 1:5414207/1‑93 (MQ=255) gTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACa > 2:822794/1‑93 (MQ=255) 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cGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGAtc < 1:3815513/93‑1 (MQ=255) cGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGAtc < 1:5578840/93‑1 (MQ=255) cGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGAtc < 1:4050630/93‑1 (MQ=255) tGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGAtcctc > 2:2597127/1‑93 (MQ=255) gCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGAtcctcc > 1:1323901/1‑93 (MQ=255) ccTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCa > 1:2633016/1‑93 (MQ=255) ccTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCa < 2:42006/93‑1 (MQ=255) cTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCAt > 1:5818935/1‑93 (MQ=255) cTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCAt > 1:2265634/1‑93 (MQ=255) tGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATa < 2:1011385/93‑1 (MQ=255) gACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATaa > 2:84445/1‑93 (MQ=255) gACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATaa > 1:3257885/1‑93 (MQ=255) aCCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATaaa > 2:5654616/1‑93 (MQ=255) ccTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATaaaa > 1:3320807/1‑93 (MQ=255) ccTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATaaaa < 2:6166903/93‑1 (MQ=255) ccTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATaaaa > 2:6046179/1‑93 (MQ=255) 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tgttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCt < 1:5232895/93‑1 (MQ=255) tgttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCt > 1:2786794/1‑93 (MQ=255) gttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTc < 1:2136414/93‑1 (MQ=255) gttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTc < 2:6348305/93‑1 (MQ=255) ttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCg < 1:6113589/93‑1 (MQ=255) tttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGt < 2:4102782/93‑1 (MQ=255) ttttgTCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTg < 2:1310166/93‑1 (MQ=255) tttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGa < 2:6438783/93‑1 (MQ=255) 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ttAACATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAAcc < 1:6336882/93‑1 (MQ=255) aCATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCggg > 1:2901897/1‑93 (MQ=255) cATCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGa < 1:4556254/93‑1 (MQ=255) tCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGAtt > 1:3071806/1‑93 (MQ=255) tCAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGAtt < 1:3907467/93‑1 (MQ=255) cAGCGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGAttt > 1:6579070/1‑93 (MQ=255) | TGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTT > NC_000913/3705374‑3705553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |