Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,806,842 | C→T | R226C (CGC→TGC) | kdtA → | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,806,842 | 0 | C | T | 99.7% | 1092.3 / ‑5.7 | 293 | R226C (CGC→TGC) | kdtA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (147/144); total (149/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTG > NC_000913/3806752‑3806931 | gcAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACgctgcgctgc > 1:4132790/1‑93 (MQ=255) cAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCgctgcc < 2:710362/93‑1 (MQ=255) aaaaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCa < 2:1459094/93‑1 (MQ=255) aaaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAg > 2:1569914/1‑93 (MQ=255) aaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGt > 2:5764927/1‑93 (MQ=255) aaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTg < 2:1353251/93‑1 (MQ=255) aataatCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTgg < 1:5797190/93‑1 (MQ=255) ggTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACcaca > 2:3170298/1‑93 (MQ=255) gTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCacac > 1:6597014/1‑93 (MQ=255) ccGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGcc < 2:2383892/93‑1 (MQ=255) ccGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGcc > 2:4225204/1‑93 (MQ=255) ccGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGcc < 2:1610063/93‑1 (MQ=255) gTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCg > 1:4820994/1‑93 (MQ=255) gTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCg > 2:4443452/1‑93 (MQ=255) 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cttaaaTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcc > 1:1830737/4‑93 (MQ=255) cTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTggc > 1:1737781/1‑91 (MQ=255) tGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcca < 1:6676024/93‑1 (MQ=255) tGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcca > 1:1113073/1‑93 (MQ=255) tGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcca > 2:81058/1‑93 (MQ=255) tGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcca > 1:2371478/1‑93 (MQ=255) gAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccac > 2:5137861/1‑93 (MQ=255) aaTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccacca > 1:1626761/1‑93 (MQ=255) aaTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccacca > 2:4182636/1‑93 (MQ=255) ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc > 1:185468/1‑93 (MQ=255) ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc < 1:3185507/93‑1 (MQ=255) ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc < 2:6418028/93‑1 (MQ=255) ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCAACAGc > 1:4890794/1‑93 (MQ=255) cGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCAc > 2:300228/1‑93 (MQ=255) cGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCAc < 2:3274426/93‑1 (MQ=255) cGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCGGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCAc < 2:6203464/93‑1 (MQ=255) gATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACt > 2:5511767/1‑93 (MQ=255) tatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCa > 1:5686485/1‑93 (MQ=255) tatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCa < 1:284969/93‑1 (MQ=255) atTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCCGCACTCAc > 2:3326941/1‑93 (MQ=255) atTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCAc < 1:898911/93‑1 (MQ=255) atTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCAc > 1:5038717/1‑93 (MQ=255) ttCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGa < 2:2576133/93‑1 (MQ=255) tCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGaa < 1:2406954/93‑1 (MQ=255) 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ccgcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAagag < 1:5584600/93‑1 (MQ=255) cgcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAagaga < 1:5085844/93‑1 (MQ=255) cAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCGCCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgt < 1:3774012/93‑1 (MQ=255) cAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgt > 2:2510102/1‑93 (MQ=255) cAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgt < 1:2202057/93‑1 (MQ=255) aGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgtg < 1:6255012/93‑1 (MQ=255) gTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGGCACCAGCACTCACGAAGGCGAagcgagggg > 2:847541/1‑90 (MQ=255) gTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgtgt < 1:746686/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |