Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,915,661 | T→C | Y78C (TAC→TGC) | atpG ← | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,915,661 | 0 | T | C | 99.7% | 1001.1 / NA | 310 | Y78C (TAC→TGC) | atpG | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, gamma‑subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (149/160); total (150/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915571‑3915750 | gTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGccc > 2:1440107/1‑93 (MQ=255) ctCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGccc < 1:5605583/92‑1 (MQ=255) cAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcg < 2:5183423/93‑1 (MQ=255) cAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcg > 1:5723085/1‑93 (MQ=255) aGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCAcgc < 2:4882079/93‑1 (MQ=255) ggTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGACAGCCCAcgcg > 1:2205563/1‑93 (MQ=255) gTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGt < 1:5938635/93‑1 (MQ=255) gTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGt > 1:3496862/1‑93 (MQ=255) tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt < 1:1354445/93‑1 (MQ=255) tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt < 2:3805302/93‑1 (MQ=255) tCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGtt > 2:2697198/1‑93 (MQ=255) ttCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTa > 1:1139889/1‑93 (MQ=255) tCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTaa > 2:3637594/1‑93 (MQ=255) tCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTaa < 1:6387030/93‑1 (MQ=255) cATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAAc < 2:1624165/93‑1 (MQ=255) cATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAAc > 1:40961/1‑93 (MQ=255) tttCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAACCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGt < 1:4570908/93‑1 (MQ=255) ccGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTcgc < 1:5540332/93‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCgg > 1:1496718/1‑93 (MQ=255) cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc < 2:3457521/93‑1 (MQ=255) cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 2:4823370/1‑93 (MQ=255) cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 1:6164818/1‑93 (MQ=255) cagcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTc > 2:3931720/1‑93 (MQ=255) agcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCt < 2:1323175/93‑1 (MQ=255) agcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCt > 2:5291719/1‑93 (MQ=255) gcagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCtt > 2:227906/1‑93 (MQ=255) gcagTTTTTTGAACAGGTTAAGGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCtt > 1:4241519/1‑93 (MQ=255) cagTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTc > 2:3722608/1‑93 (MQ=255) agTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTcc < 1:763182/93‑1 (MQ=255) agTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTcc < 2:4475848/93‑1 (MQ=255) agTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTcc > 1:1232791/1‑93 (MQ=255) agTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTcc < 2:6661794/93‑1 (MQ=255) gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa < 1:6078327/93‑1 (MQ=255) gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCa > 2:4730160/1‑93 (MQ=255) gTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGCGTTccg > 1:2562465/1‑92 (MQ=255) ttttttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAg < 2:4576062/93‑1 (MQ=255) tttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTa > 1:570689/1‑93 (MQ=255) ttGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTaa > 2:2167020/1‑93 (MQ=255) 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ggTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt > 1:427221/1‑93 (MQ=255) ggTGAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGACGGTCGACGCCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCt < 2:653734/93‑1 (MQ=255) ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta > 2:5337431/1‑93 (MQ=255) ttAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTta > 2:5799482/1‑93 (MQ=255) aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata > 1:294502/1‑93 (MQ=255) aaTGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTtata < 2:3060543/93‑1 (MQ=255) gTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTc < 2:4095922/93‑1 (MQ=255) ttCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTcc < 1:5480705/93‑1 (MQ=255) tCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCa > 2:2790239/1‑93 (MQ=255) cAAGCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAg < 2:2908105/93‑1 (MQ=255) cAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAg > 1:980772/1‑93 (MQ=255) aaaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGa < 2:6499843/93‑1 (MQ=255) aaaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGa > 1:2346216/1‑93 (MQ=255) aaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAt > 1:1704572/1‑93 (MQ=255) aaCCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAt < 2:5007468/93‑1 (MQ=255) accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCTGAtt > 1:4702054/1‑93 (MQ=255) accaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGAtt < 1:2612151/93‑1 (MQ=255) ccaccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTa > 1:392711/1‑93 (MQ=255) caccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAc > 1:1896698/1‑93 (MQ=255) cccGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAcc < 2:5995056/92‑1 (MQ=255) accGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAcc > 2:3568255/1‑93 (MQ=255) accGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTAcc < 2:1222321/93‑1 (MQ=255) gCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCgtg > 2:5876471/1‑93 (MQ=255) cacaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCgtgt > 1:3006534/1‑93 (MQ=255) acaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGtgtg > 2:827200/1‑93 (MQ=255) acaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGtgtg < 2:2589008/93‑1 (MQ=255) acaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGtgtg < 2:3900624/93‑1 (MQ=255) acaAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGtgtg > 2:542288/1‑93 (MQ=255) caAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGc > 1:6268312/1‑93 (MQ=255) caAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGc < 1:736081/93‑1 (MQ=255) aaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCaa > 2:1124592/1‑93 (MQ=255) aaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCaa > 1:4759025/1‑93 (MQ=255) aaCCACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCaa > 2:6287446/1‑93 (MQ=255) ccACGGTCGGTCGACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAgg < 1:6527180/93‑1 (MQ=255) gtcggtcgACACCGCCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGTGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAcc < 1:4949638/93‑1 (MQ=255) gtcggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAcc < 1:1573074/93‑1 (MQ=255) gtcggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAcc < 1:3429657/93‑1 (MQ=255) gtcagtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGAcc < 2:15354/93‑1 (MQ=255) cggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCaa < 1:2760585/93‑1 (MQ=255) cggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCaa < 1:2429703/93‑1 (MQ=255) ggtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAAt > 1:1993639/1‑93 (MQ=255) gtcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATc < 2:2419545/93‑1 (MQ=255) tcgACACCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCa > 1:5117053/1‑93 (MQ=255) acacCACCAGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTTCCGTGTGCAAGGTGACCAATCACtt < 1:6592987/93‑1 (MQ=255) caccacCAGGCAGCCTACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACttt < 2:33037/93‑1 (MQ=255) ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc < 2:5715003/93‑1 (MQ=255) ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc < 1:3789925/93‑1 (MQ=255) ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc > 2:194157/1‑93 (MQ=255) ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc < 1:1007908/93‑1 (MQ=255) ccaccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgc < 2:743867/93‑1 (MQ=255) accaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgcgc > 2:4120402/1‑93 (MQ=255) accaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTgcgc < 2:4343963/93‑1 (MQ=255) ccaGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCa > 1:5026795/1‑93 (MQ=255) caGGCAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCAt < 2:1746818/93‑1 (MQ=255) | TCGGTCCAGGTCTTCATTTCCGCCAGCAGTTTTTTGAACAGGTTAATGTTCAAACCACCGCACAAACCACGGTCGGTCGACACCACCAGGTAGCCCACGCGTTTAACGTCGCGGTCTTCCAGGTAAGGGTGCTTATATTCCAGATTACCGTGTGCAAGGTGACCAATCACTTTGCGCATG > NC_000913/3915571‑3915750 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |