| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,250,949 | A→G | I119V (ATT→GTT) | ubiA → | 4‑hydroxybenzoate‑octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,250,949 | 0 | A | G | 99.2% | 837.9 / NA | 256 | I119V (ATT→GTT) | ubiA | 4‑hydroxybenzoate‑octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (127/127); minor base T (0/2); total (127/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GGCGCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCATTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCGTTTATGAAGCGGTATACCCATCTACCGCAAGTGGTGCTGGGCGCG > NC_000913/4250859‑4251038 | ggcgCGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTAATGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGtt < 1:3033016/93‑1 (MQ=255) gcgcGGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTc < 1:1375349/93‑1 (MQ=255) cgcgGTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCt < 2:2873391/93‑1 (MQ=255) ggTAACAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCtgtt < 2:565280/93‑1 (MQ=255) aaCAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTc > 2:1019667/1‑93 (MQ=255) aCAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCg > 1:754234/1‑93 (MQ=255) aCAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCg > 2:4059737/1‑93 (MQ=255) cAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGa < 2:3282142/93‑1 (MQ=255) cAGAGAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGa < 1:286212/93‑1 (MQ=255) aagagAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGa < 2:1720236/92‑1 (MQ=255) agagAAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGAt < 1:5264528/93‑1 (MQ=255) gagaAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGAtt < 1:4585075/93‑1 (MQ=255) gagaAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGAtt < 2:2240113/93‑1 (MQ=255) gagaAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGAtt > 2:6656249/1‑93 (MQ=255) gagaAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATCTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGAtt > 2:516363/1‑93 (MQ=255) gaAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGc > 2:2136459/1‑93 (MQ=255) gaAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGc > 2:3293088/1‑93 (MQ=255) gaAAGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGc > 1:1290882/1‑93 (MQ=255) aaaGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGcc > 2:2987165/1‑93 (MQ=255) aaGAGGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCcg > 1:6482091/1‑93 (MQ=255) gagGCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCcgcg > 2:1217009/1‑93 (MQ=255) ggCGCGCGCGCTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCt > 1:6188277/1‑93 (MQ=255) 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cgcgcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAg < 2:811055/93‑1 (MQ=255) gcgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAgcgc < 2:3125332/93‑1 (MQ=255) cgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCt < 2:1727410/93‑1 (MQ=255) cgcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCt < 1:2667649/93‑1 (MQ=255) gcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTg < 1:3783058/93‑1 (MQ=255) gcgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTg < 1:4380690/93‑1 (MQ=255) cgcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTgg < 2:4992408/93‑1 (MQ=255) gcTGTTTGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTCACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGc > 2:3563316/1‑93 (MQ=255) 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ttGTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTggg < 2:5465032/93‑1 (MQ=255) gTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGgtg > 1:1590382/1‑93 (MQ=255) gTCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGgtg < 1:3626280/93‑1 (MQ=255) tCGTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGgtgt > 1:2453049/1‑93 (MQ=255) gTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTAc > 1:1126278/1‑93 (MQ=255) gTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTAc > 1:339639/1‑93 (MQ=255) gTGCTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTAc < 1:1635301/93‑1 (MQ=255) cTGGTACTGATTTCGTTTTTACTGGTGCTGACGCTGAATACGATGACCGTTCTGTTGTCGATTGCCGCGCTAGCGCTGGCGTGGGTGTACCCg > 2:6273090/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |