Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,483,536 | T→C | intergenic (‑17/‑250) | pepA ← / → yjgP | aminopeptidase A/I/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,483,536 | 0 | T | C | 99.0% | 1032.7 / ‑3.1 | 314 | intergenic (‑17/‑250) | pepA/yjgP | aminopeptidase A/I/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (146/165); total (147/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
GGTTCGAAGACGCCCACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAATCTTAAAGACAACGGCGGTGGCTACAGATAGAATTGCAAGCTTTCGTAACTCATGTCCGCTGTTGCGATGACTTCGTGTTAATCTTAACG > NC_000913/4483446‑4483625 | ggTTCGAAGACGCCCACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCt < 2:1113865/93‑1 (MQ=255) gTTCGAAGACGCCCACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCtt < 1:579855/93‑1 (MQ=255) tCGAAGACGCCCACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTaa < 1:1771205/93‑1 (MQ=255) cGAAGACGCCCACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTaaa < 1:3337481/93‑1 (MQ=255) cGAAGACGCCCACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTaaa < 1:6232088/93‑1 (MQ=255) gAAGACGCCCACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAg > 1:186035/1‑93 (MQ=255) 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cccACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAAcgg > 1:2821239/1‑93 (MQ=255) ccACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAAcggc > 2:6693694/1‑93 (MQ=255) cACGACGATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAAcggcg > 2:3696460/1‑93 (MQ=255) acgacgATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGCCAAcggcgg > 2:3540137/1‑93 (MQ=255) acgacgATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAAcggcgg > 1:881129/1‑93 (MQ=255) acgacgATGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAAcggcgg > 2:5323239/1‑93 (MQ=255) cgacgaTGTAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGt < 1:2329139/93‑1 (MQ=255) cgacgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTGAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGt < 2:2912377/93‑1 (MQ=255) cgacgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGt < 1:1136960/93‑1 (MQ=255) gacgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGTg > 2:764788/1‑93 (MQ=255) gacgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGTg < 2:4445947/93‑1 (MQ=255) gacgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGTg < 2:6086363/93‑1 (MQ=255) acgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGTgg > 2:3208509/1‑93 (MQ=255) acgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGTgg > 2:5592777/1‑93 (MQ=255) acgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGTgg > 1:1476768/1‑93 (MQ=255) cgaTGCAGGCACTCCGCTGTTTCTCCGGGCTACCGCTTTTTACACTAAACTCCATGCACTACGCTCCTGAACCTTAAAGACAACGGCGGTGGc < 1:3400279/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |