| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 950,532 | T→C | Q749R (CAG→CGG) | pflB ← | formate acetyltransferase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 950,532 | 0 | T | C | 99.2% | 798.3 / ‑2.6 | 248 | Q749R (CAG→CGG) | pflB | formate acetyltransferase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (127/118); minor base A (2/0); total (130/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TTCGTGGAGCCTTTATTGTACGCTTTTTACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCTGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGTTGAAACGTACTGCGTAGCCAGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGGTTTTCCATC > NC_000913/950442‑950621 | ttCGTGGAGCCTTTATTGTACGCTTTTTACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCccgc > 1:4776348/1‑93 (MQ=255) tCGTGGAGCCTTTATTGTACGCTTTTTACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAAAGTCccgct > 1:6489942/1‑93 (MQ=255) gTGGAGCCTTTATTGTACGCTTTTTACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCccgctgc < 1:1028002/93‑1 (MQ=255) gTGGAGCCTTTATTGTACGCTTTTTACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCccgctgc < 2:1055924/93‑1 (MQ=255) ggAGCCTTTATTGTACGCTTTTTACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCccgctgctg > 2:3049886/1‑93 (MQ=255) aGCCTTTATTGTACGCTTTTTACTGTACGATTTCGGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGtt < 2:4747437/93‑1 (MQ=255) 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tttttACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGtt < 2:4597594/93‑1 (MQ=255) tttttACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGtt > 2:4321992/1‑93 (MQ=255) tttACTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGTTGa > 2:1381518/1‑93 (MQ=255) aCTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGTTGAAAc > 2:6024592/1‑93 (MQ=255) aCTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGTTGAAAc > 2:1698961/1‑93 (MQ=255) aCTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGGTGCAAc > 1:5968892/1‑93 (MQ=255) cTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGTTGAAACg > 2:3682796/1‑93 (MQ=255) cTGTACGATTTCAGTCAAATCTAATTACATAGATTGAGTGAAGGTACGAGTAATAACGTCCCGCTGCTGTTCTTTAGTCAGCGAGTTGAAACg < 2:752992/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |