| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,050,477 | A→G | intergenic (‑79/‑207) | cspH ← / → cspG | cold shock‑like protein/CspG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,050,477 | 0 | A | G | 99.5% | 692.2 / ‑5.9 | 213 | intergenic (‑79/‑207) | cspH/cspG | cold shock‑like protein/CspG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (92/120); minor base T (1/0); total (93/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACT > NC_000913/1050387‑1050566 | cGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCta < 2:5498390/93‑1 (MQ=255) gggACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaa > 1:3763064/1‑93 (MQ=255) acaaacaaATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaat < 1:233443/93‑1 (MQ=255) aaacaaaTTTCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGGTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataa > 1:3118848/1‑93 (MQ=255) aaacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataa < 2:5858230/93‑1 (MQ=255) aaacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataa > 2:2130075/1‑93 (MQ=255) aaacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataa > 1:5591154/1‑93 (MQ=255) aacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaa > 1:5411711/1‑93 (MQ=255) aacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaa > 2:385599/1‑93 (MQ=255) aacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaa > 1:5694394/1‑93 (MQ=255) aacaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaa < 2:5923811/93‑1 (MQ=255) acaaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCtaaaataaaa > 1:6708997/1‑93 (MQ=255) caaaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTaaaataaaat > 2:1770054/1‑93 (MQ=255) aaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAAttt < 2:3342952/93‑1 (MQ=255) aaTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAAttt < 2:4334670/93‑1 (MQ=255) aTTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTg > 1:2019234/1‑93 (MQ=255) ttACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTaa > 2:1274338/1‑93 (MQ=255) ttACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTaa > 2:1919330/1‑93 (MQ=255) ttACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTaa > 2:6039224/1‑93 (MQ=255) aCTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtc < 1:6631617/93‑1 (MQ=255) cTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAAtct > 1:4048827/1‑93 (MQ=255) gAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCa > 1:5959245/1‑93 (MQ=255) aaaaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCaa < 2:4295366/93‑1 (MQ=255) aaaaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCaa < 2:763950/93‑1 (MQ=255) aaaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTACGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAAt < 1:5436930/93‑1 (MQ=255) aaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAAtt < 1:446582/93‑1 (MQ=255) aaTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAAtt > 2:2071230/1‑93 (MQ=255) aTACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTa > 2:2788144/1‑93 (MQ=255) aCTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATc > 1:5258206/1‑93 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa < 1:3917419/93‑1 (MQ=255) cTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCa > 1:3612311/1‑93 (MQ=255) tGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCAt < 1:335763/93‑1 (MQ=255) cgcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGc < 1:3867477/93‑1 (MQ=255) cgcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGc < 1:1799821/93‑1 (MQ=255) gcTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCg < 2:3443804/93‑1 (MQ=255) cTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGt > 2:5537303/1‑93 (MQ=255) cTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGt < 2:3259327/93‑1 (MQ=255) cTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGt > 2:5567446/1‑93 (MQ=255) cTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGt > 1:42531/1‑93 (MQ=255) cTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGt < 1:2890793/93‑1 (MQ=255) cTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGt < 2:4490058/93‑1 (MQ=255) gCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTa < 2:3672881/93‑1 (MQ=255) gCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTa > 2:1633962/1‑93 (MQ=255) cACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTaa < 2:3031528/93‑1 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt > 1:2810138/1‑93 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 1:3188370/93‑1 (MQ=255) aCTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAt < 1:2084293/93‑1 (MQ=255) cTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATa < 1:2759597/93‑1 (MQ=255) cTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATa < 2:4611910/93‑1 (MQ=255) tataCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAg > 1:6304890/1‑93 (MQ=255) taCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCt > 2:1519319/1‑93 (MQ=255) taCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCt < 1:1269747/93‑1 (MQ=255) taCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCt > 2:4857586/1‑93 (MQ=255) taCGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCt < 1:2209462/93‑1 (MQ=255) ggggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCg > 1:6108150/1‑93 (MQ=255) gggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGt < 2:1541153/93‑1 (MQ=255) gggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGt < 2:4183336/93‑1 (MQ=255) gggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGt < 2:1800537/93‑1 (MQ=255) ttAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCgg < 2:3123273/93‑1 (MQ=255) ttAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCgg > 2:32924/1‑93 (MQ=255) ttAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCgg > 1:4423813/1‑93 (MQ=255) taataaAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGt < 1:4788937/93‑1 (MQ=255) aataaaataaAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGtt < 2:1029399/93‑1 (MQ=255) aataaaataaAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGtt < 1:3239205/93‑1 (MQ=255) ataaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGttt > 2:6099592/1‑93 (MQ=255) ataaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGttt > 1:6440704/1‑93 (MQ=255) ataaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGttt < 1:6203379/93‑1 (MQ=255) ataaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCAT‑CGTTTATTACTGGGTCCGTTTg > 2:82613/1‑93 (MQ=255) taaaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTg > 1:4947731/1‑93 (MQ=255) aaataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaa > 1:4965082/1‑93 (MQ=255) aataacGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTCAAAAGCTGCGTCGGTTTGaaa < 1:244337/93‑1 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa < 2:2311621/93‑1 (MQ=255) aataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGaaa < 1:1556159/93‑1 (MQ=255) ataaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAag < 2:4543660/93‑1 (MQ=255) taaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAaga > 2:3586320/1‑93 (MQ=255) taaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAaga > 2:5159578/1‑93 (MQ=255) aaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagac > 1:500827/1‑93 (MQ=255) aaaGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGGCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTAGCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagac < 1:5785483/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |