| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,159,128 | A→G | R549R (CGT→CGC) | fhuE ← | outer membrane receptor for ferric iron uptake |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,159,128 | 0 | A | G | 98.6% | 665.5 / NA | 207 | R549R (CGT→CGC) | fhuE | outer membrane receptor for ferric iron uptake |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (100/104); minor base C (1/2); total (101/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GGTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGACGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGCCTGAACTGTCACGATCATT > NC_000913/1159038‑1159217 | ggTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCg < 2:593524/93‑1 (MQ=255)ggTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCg > 2:726134/1‑93 (MQ=255) gTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCgg > 2:203608/1‑93 (MQ=255) gTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCgg < 1:14762/93‑1 (MQ=255) gTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCgg > 2:2079594/1‑93 (MQ=255) gTTTCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCgg > 1:1610853/1‑93 (MQ=255) tttCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAggcggc < 2:6094549/93‑1 (MQ=255) tttCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAggcggc < 2:5826287/93‑1 (MQ=255) tttCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAggcggc < 2:4895089/93‑1 (MQ=255) tttCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAggcggc > 2:3279762/1‑93 (MQ=255) ttCGCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCt > 2:3715885/1‑93 (MQ=255) gCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTAtt < 2:2810811/93‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTAtt > 2:3891225/1‑93 (MQ=255) ccGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTc < 1:4318207/93‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCa < 2:2835713/93‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCAt > 2:3534506/1‑93 (MQ=255) tgctgcCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATcc > 2:46375/1‑93 (MQ=255) gctgcCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCa > 1:4536491/1‑93 (MQ=255) gcCGGGGATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATCCGGAAGATGCCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTc < 1:2964889/93‑1 (MQ=255) gggATAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGAt > 1:6505763/1‑93 (MQ=255) tAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCa < 2:6047984/93‑1 (MQ=255) tAGGTGTACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCa > 1:1536657/1‑93 (MQ=255) tgtACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGAcc < 1:1657932/93‑1 (MQ=255) gtACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGAccc < 1:1674505/93‑1 (MQ=255) tACCGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCa < 1:849209/93‑1 (MQ=255) ccGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGc < 1:2890539/93‑1 (MQ=255) ccGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGc < 2:4067070/93‑1 (MQ=255) ccGGTGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGCCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGc < 1:4472240/93‑1 (MQ=255) ccGATGGACTGAGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGc < 2:4773707/93‑1 (MQ=255) gTGGACTGGGCGACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAATGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATACAGTCCGATTTCAGTCCCAGCTCg > 1:5279310/1‑93 (MQ=255) 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gACATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTAcc < 1:6364838/93‑1 (MQ=255) gACATTATCCTGCTCAATACGGAAGAGGGCTAACGTGGGGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACACAGCTCGTAGTTGTTatc > 1:1050038/1‑91 (MQ=255) cATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCgg > 2:1035793/1‑93 (MQ=255) cATTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCgg > 1:4792149/1‑93 (MQ=255) aTTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGt > 2:4348157/1‑93 (MQ=255) aTTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGt > 1:1391555/1‑93 (MQ=255) aTTATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGt > 1:4162013/1‑93 (MQ=255) tATCCTGCTCAATACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGa > 1:4189916/1‑93 (MQ=255) 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tACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGat < 2:6356752/93‑1 (MQ=255) tACGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGat < 2:5875101/93‑1 (MQ=255) cGGAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGatat > 2:2986834/1‑93 (MQ=255) ggAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATAtt < 2:5385449/93‑1 (MQ=255) gAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATAttt > 1:2707627/1‑93 (MQ=255) gAAGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATAttt < 1:6013690/93‑1 (MQ=255) aGATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGc < 2:1254054/93‑1 (MQ=255) gATGGCTAACGTGGTGGTCAGGCGGCTATTCATCCAGTCCGATTTCAGACCCAGCTCGTAGTTGTTACCGGTGATTGGAGCCAGATATTTGcc < 1:1865821/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |