| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,216,420 | A→G | intergenic (+201/‑89) | ymgC → / → b1168 | hypothetical protein/putative proteases |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,216,420 | 0 | A | G | 99.6% | 863.2 / NA | 262 | intergenic (+201/‑89) | ymgC/b1168 | hypothetical protein/putative proteases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (119/142); minor base T (1/0); total (120/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509 | tGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAt > 1:4431755/1‑93 (MQ=255) ggAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATc > 2:4347106/1‑93 (MQ=255) agagTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCaa < 1:3342269/93‑1 (MQ=255) agagTCCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCaa < 2:1475723/93‑1 (MQ=255) agTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa < 1:5216797/93‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGAt < 1:2103232/93‑1 (MQ=255) 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tGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTc < 2:1540955/93‑1 (MQ=255) aCGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCgg < 2:5505772/93‑1 (MQ=255) gCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCg < 1:586651/93‑1 (MQ=255) gCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATAAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCg > 2:65833/1‑93 (MQ=255) ccTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGt < 1:1252279/93‑1 (MQ=255) cTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTg > 2:2040979/1‑93 (MQ=255) gATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGa < 1:258308/93‑1 (MQ=255) atatCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGat < 2:3433438/93‑1 (MQ=255) 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tGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGCTGCCAGCGCGAGCgaat > 2:5714650/1‑93 (MQ=255) tGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaat < 2:2339170/93‑1 (MQ=255) ggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatga < 1:3680406/93‑1 (MQ=255) ggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatga > 2:1094084/1‑93 (MQ=255) gTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatgaa < 1:1873523/93‑1 (MQ=255) gTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatgaa > 2:1220591/1‑93 (MQ=255) | ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |