| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,464,084 | T→C | intergenic (+999/+1861) | b1400 → / ← yi222 | putative transferase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,464,084 | 0 | T | C | 99.6% | 722.9 / ‑4.7 | 222 | intergenic (+999/+1861) | b1400/yi222 | putative transferase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (103/118); total (104/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TAACACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAATGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGAAAGTGATTCA > NC_000913/1463994‑1464173 | aaCACTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGcc > 2:2858590/1‑93 (MQ=255) acacTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCca > 1:2208216/1‑93 (MQ=255) cacTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCcac < 1:6380059/93‑1 (MQ=255) acTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCcaca > 1:349770/1‑93 (MQ=255) acTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCcaca < 2:3259503/93‑1 (MQ=255) acTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCcaca > 2:3415038/1‑93 (MQ=255) cTGTTGCGCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAg < 1:5836433/93‑1 (MQ=255) cTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAg > 1:3794208/1‑93 (MQ=255) cTGTTGCCCTTGAAGGGGTGAGCACAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAg > 1:787865/1‑93 (MQ=255) ttGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTaa < 1:6320336/93‑1 (MQ=255) tGCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTaaa > 2:4102271/1‑93 (MQ=255) gCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAaac < 2:48467/93‑1 (MQ=255) gCCCTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAaac < 1:2327385/93‑1 (MQ=255) ccTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAaacaa > 1:5760025/1‑93 (MQ=255) cTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCGCAGTAaacaac < 2:3449142/93‑1 (MQ=255) cTTGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAaacaac > 1:2038368/1‑93 (MQ=255) ttGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAacaaca < 2:3795907/93‑1 (MQ=255) ttGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAacaaca > 1:6085818/1‑93 (MQ=255) tGAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACCGGTGATAACGCCACAGTAAAcaacaa > 2:1489764/1‑93 (MQ=255) gAAGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAAt > 2:5785709/1‑93 (MQ=255) aaGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATg > 2:686255/1‑93 (MQ=255) aaGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATg < 2:5978822/93‑1 (MQ=255) aGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATgg > 2:1727550/1‑93 (MQ=255) aGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATgg < 2:226355/93‑1 (MQ=255) aGGGGTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATgg < 2:4148438/93‑1 (MQ=255) ggggTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGc < 2:3715171/93‑1 (MQ=255) gggTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGTCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCa < 1:1094455/93‑1 (MQ=255) gTGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCaaa < 1:5648358/93‑1 (MQ=255) tGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAACCAACAATGGCaaaa < 1:736691/93‑1 (MQ=255) tGAGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCaaaa > 2:5451809/1‑93 (MQ=255) aGCGCAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAacc > 2:6142134/1‑93 (MQ=255) gcgcAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAacca < 2:1135067/93‑1 (MQ=255) gcAGATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAACCAACAATGGCAAAaccacc > 2:5591048/1‑93 (MQ=255) gATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGtt > 1:722202/1‑93 (MQ=255) gATGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGtt > 1:3720217/1‑93 (MQ=255) aTGGCGCAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTg < 2:2910062/93‑1 (MQ=255) gcgcAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACg > 2:121027/1‑93 (MQ=255) cgcAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACgg < 1:3984883/93‑1 (MQ=255) gcAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGt > 2:2696105/1‑93 (MQ=255) cAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTa < 1:4067185/93‑1 (MQ=255) cAACGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGGTGACGGTa < 1:6507413/93‑1 (MQ=255) aaCGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTaa > 2:5292616/1‑93 (MQ=255) aaCGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTaa > 2:5110039/1‑93 (MQ=255) aCGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTaaa > 1:6220914/1‑93 (MQ=255) aCGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTaaa > 1:4540930/1‑93 (MQ=255) aCGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTaaa < 2:6499080/93‑1 (MQ=255) aCGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTaaa > 1:3832492/1‑93 (MQ=255) cGAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCCTTGACGGTAAAg < 2:3593313/93‑1 (MQ=255) gAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGa > 1:4706032/1‑93 (MQ=255) gAAGTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGa < 1:4961547/93‑1 (MQ=255) gTGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTc < 2:654324/93‑1 (MQ=255) tGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTcc < 1:1968109/93‑1 (MQ=255) tGGCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTcc > 2:5791730/1‑93 (MQ=255) ggCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTccc > 1:1916980/1‑92 (MQ=255) gCAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCAc > 2:1818151/1‑93 (MQ=255) cAATATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCAcc < 1:6443497/93‑1 (MQ=255) aaTATAATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCg > 1:309778/1‑93 (MQ=255) tataATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAAGGGCAAAGCCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGt < 1:773893/93‑1 (MQ=255) taATCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTAc < 2:3193808/93‑1 (MQ=255) tCACAACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGa > 1:2118882/1‑93 (MQ=255) acaACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGaaa < 1:3221793/93‑1 (MQ=255) acaACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGaaa < 1:346423/93‑1 (MQ=255) acaACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGaaa < 2:272822/93‑1 (MQ=255) caACGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAAt < 2:4087107/93‑1 (MQ=255) aaCGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATc < 1:3475470/93‑1 (MQ=255) aaCGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATc < 2:2140473/93‑1 (MQ=255) aCGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCa > 2:4586261/1‑93 (MQ=255) aCGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCa > 2:2347926/1‑93 (MQ=255) aCGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCa > 2:1913540/1‑93 (MQ=255) cGGTGAGCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCaa < 1:5713822/93‑1 (MQ=255) 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gCTTGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGtaa > 2:4792880/1‑93 (MQ=255) tGTTATTACGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGtaataa < 1:399643/93‑1 (MQ=255) ttattaCGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACg < 2:1155421/93‑1 (MQ=255) ttattaCGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACg < 2:487573/93‑1 (MQ=255) attaCGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACggg > 2:4540210/1‑93 (MQ=255) ttaCGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGa > 2:5397897/1‑93 (MQ=255) taCGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGaa > 2:5549025/1‑93 (MQ=255) aCGGGTGATAACGCCACAGTAAACAACAATGGCAAAACCACCGTTGACGGTAAAGATTCCACCGGTACGGAAATCAACGGTAATAACGGGaaa < 1:853333/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |