| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 137,057 | G→A | intergenic (‑140/‑26) | yacC ← / → yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 137,057 | 0 | G | A | 99.6% | 987.4 / ‑5.6 | 278 | intergenic (‑140/‑26) | yacC/yacK | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (94/182); total (94/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
AGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGT > NC_000913/136967‑137146 | agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTTTTTCAcc > 1:2740453/1‑93 (MQ=255)agGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCAcc < 1:3314728/93‑1 (MQ=255) ggCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCt < 1:6097601/93‑1 (MQ=255) gCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTg < 1:6088701/93‑1 (MQ=255) gacgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCt < 1:127909/93‑1 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCtt > 2:4886249/1‑93 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCtt > 1:1941351/1‑93 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCtt < 2:1652979/93‑1 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCtt < 1:3710597/93‑1 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCtt < 1:5296468/93‑1 (MQ=255) acgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCtt > 1:6722112/1‑93 (MQ=255) cgacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGTGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTa < 1:1599407/93‑1 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTaa < 2:850534/93‑1 (MQ=255) gacCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTaa > 2:3189519/1‑93 (MQ=255) acCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTTACCTGCTTAAg > 1:2361644/1‑93 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAaaaaa > 2:3740579/1‑92 (MQ=255) attattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAAt < 1:2567257/93‑1 (MQ=255) tattGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATaa < 2:70578/93‑1 (MQ=255) attGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAg < 2:4575352/93‑1 (MQ=255) ttGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAgg > 2:6657561/1‑93 (MQ=255) tGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGa < 1:6326082/93‑1 (MQ=255) tGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGa < 2:1689807/93‑1 (MQ=255) gTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGaa < 1:4321680/93‑1 (MQ=255) gTCAATAAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTCTGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGaa < 1:5451137/93‑1 (MQ=255) tCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGaaa < 1:4297952/93‑1 (MQ=255) cGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAAt < 1:628945/93‑1 (MQ=255) gATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGGAGGACTATGCTCAACCTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATa > 2:6320105/1‑93 (MQ=255) gATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATTCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAAATAGGAAATa > 2:3362748/1‑93 (MQ=255) ttAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAAc > 1:2834551/1‑93 (MQ=255) tAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACt < 1:3951102/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 2:1334878/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 2:14622/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 2:3714306/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 1:4165890/93‑1 (MQ=255) aaaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTa < 1:4046219/93‑1 (MQ=255) aaTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTAt < 1:1100935/93‑1 (MQ=255) aTTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGGTTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATg > 2:2723723/1‑93 (MQ=255) ttGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGGAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAAATATgg > 1:638946/1‑92 (MQ=255) gtgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCaa < 2:5606627/93‑1 (MQ=255) gtgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCaa < 1:6171900/93‑1 (MQ=255) tgtCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAc < 1:3220260/93‑1 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt < 2:3663564/93‑1 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt < 2:1850776/93‑1 (MQ=255) tCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgt < 1:4599643/93‑1 (MQ=255) tGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAAcgtcg < 1:1351238/93‑1 (MQ=255) cGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCCACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTg > 2:3898255/1‑93 (MQ=255) 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cTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaa > 2:5766238/1‑93 (MQ=255) ttCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaaa > 1:5045513/1‑93 (MQ=255) tCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTaaaa < 1:4772835/93‑1 (MQ=255) cccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAat < 1:3612804/93‑1 (MQ=255) ccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAata > 1:5843799/1‑93 (MQ=255) cGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAatat > 2:2153516/1‑93 (MQ=255) cGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAatat < 1:3812895/93‑1 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCACCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATAtt < 2:5937639/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |