| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,568,848 | C→T | A408T (GCC→ACC) | gadB ← | glutamate decarboxylase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,568,848 | 0 | C | T | 99.2% | 327.7 / NA | 133 | A408T (GCC→ACC) | gadB | glutamate decarboxylase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (55/77); total (56/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
ATAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGCCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATCTTTCAGTTTGAAGCAAA > NC_000913/1568799‑1568937 | aTAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCa < 1:667082/93‑1 (MQ=14) tAATGCGCATCACCTCGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt > 1:4067467/1‑93 (MQ=12) tAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt < 1:1666630/93‑1 (MQ=17) tAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt < 2:4614590/93‑1 (MQ=17) aaTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCATCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATa < 2:2248769/93‑1 (MQ=255) aaTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATa > 1:6641725/1‑93 (MQ=18) aaTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATa > 2:1395914/1‑93 (MQ=18) aaTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATa < 1:1250864/93‑1 (MQ=18) aTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATAc < 2:3673939/93‑1 (MQ=18) tGCTCACCACCTCGATGTCGGTGGCTTCGCCGCCGAGAGTGAAGGGCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACa < 2:3097612/93‑1 (MQ=11) agcgcATCACCGCGATGTCGGTGGCTACACCGCCGAAAGTGAAGGTCGGACCCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACa < 2:6623945/92‑1 (MQ=11) gcgcATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAg < 2:4204289/93‑1 (MQ=21) gcATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAggg < 2:4419268/93‑1 (MQ=21) gcATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAggg > 1:3327914/1‑93 (MQ=18) gcATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAggg < 1:5810977/93‑1 (MQ=21) 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caccacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTa < 2:4112071/93‑1 (MQ=21) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt > 2:2788776/1‑93 (MQ=18) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt > 1:3681466/1‑93 (MQ=18) ccacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATc < 2:1454741/93‑1 (MQ=18) ccGATGTCGGTGTCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc < 2:4276754/92‑1 (MQ=255) ccGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc < 1:4407900/92‑1 (MQ=18) acGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc < 1:1748246/93‑1 (MQ=18) acGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc > 1:520727/1‑93 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |