| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,695,310 | T→C | Q252R (CAG→CGG) | hdhA ← | NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,695,310 | 0 | T | C | 99.5% | 629.7 / ‑5.4 | 197 | Q252R (CAG→CGG) | hdhA | NAD‑dependent 7alpha‑hydroxysteroid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (80/116); total (80/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
CCAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCTGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGCAGCAGGCGAGCAAAGGAACAGCGCTGCGTTAGCAATATCT > NC_000913/1695220‑1695399 | ccAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGt < 1:3424694/93‑1 (MQ=255) cAGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTa > 1:613876/1‑93 (MQ=255) aGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAc < 2:1828661/93‑1 (MQ=255) aGTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAc > 1:2621953/1‑93 (MQ=255) gTTATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAcc > 1:3063349/1‑93 (MQ=255) tATTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTAcccc < 1:5456555/93‑1 (MQ=255) aTTTAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCcca > 2:4725152/1‑93 (MQ=255) ttAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCccacc < 1:6461979/93‑1 (MQ=255) ttAGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCccacc < 2:5387991/93‑1 (MQ=255) aGCAGAGACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCcaccac > 2:2738734/1‑93 (MQ=255) agagACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCgg < 1:6250768/93‑1 (MQ=255) agagACGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCgg > 2:4244556/1‑93 (MQ=255) gagaCGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCCCCggg > 2:827303/1‑92 (MQ=255) gagaCGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGga > 1:1412178/1‑93 (MQ=255) gagaCGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGga < 1:1769153/93‑1 (MQ=255) gagaCGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTACGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGga > 2:916970/1‑93 (MQ=255) gaCGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGgaga > 1:2540904/1‑93 (MQ=255) cGTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACg < 2:2905079/93‑1 (MQ=255) gTTGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACgg < 1:1875235/93‑1 (MQ=255) ttGATGAGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGt < 1:6289725/93‑1 (MQ=255) gatgaGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTga > 1:2937076/1‑93 (MQ=255) gatgaGTTTATCCCGGTAAACAACACGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTga < 2:5451936/93‑1 (MQ=255) 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aacaCGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGc < 2:3238020/93‑1 (MQ=255) aacaCGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGc > 1:4196378/1‑93 (MQ=255) acacGCACGGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCt > 1:1019456/1‑93 (MQ=255) cacgtacgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTc < 1:3730762/93‑1 (MQ=255) cacgcacgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTc < 2:3729869/93‑1 (MQ=255) acgcacgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCg < 1:3362076/93‑1 (MQ=255) cgGTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCgcagca > 1:4598246/1‑93 (MQ=255) ggTTGTTTACCGGTCCGTTAGTGTATTAATTGAGCTCCCGTACCCCACCACCGGAGACGGTGAGAATTTGTCCGCTTACCCAGCTCGcagcag < 2:6628442/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |