| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,718,074 | T→C | S59P (TCC→CCC) | slyB → | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,718,074 | 0 | T | C | 99.6% | 722.4 / ‑4.6 | 224 | S59P (TCC→CCC) | slyB | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (90/133); total (91/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTACT > NC_000913/1717984‑1718163 | tataCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATccc < 2:2458913/93‑1 (MQ=255) taCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCaa > 2:1352592/1‑93 (MQ=255) taCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGGGATGATCCCaa > 1:861678/1‑93 (MQ=255) aCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAAc < 1:5227013/93‑1 (MQ=255) ccGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACg < 1:4055779/93‑1 (MQ=255) cGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGt > 2:495226/1‑93 (MQ=255) cGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGt < 1:4723891/93‑1 (MQ=255) gCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGtt > 2:3670253/1‑93 (MQ=255) cTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTa < 2:218929/93‑1 (MQ=255) ttCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTAt < 1:5538592/93‑1 (MQ=255) ttCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGC‑GTGATGATGCCAACGTTaac > 2:5160343/1‑91 (MQ=255) tCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCCGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATc < 1:173288/93‑1 (MQ=255) cTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAGCGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCg < 1:5799311/93‑1 (MQ=255) tGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCgg < 2:3114622/93‑1 (MQ=255) aaGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTg > 2:146296/1‑93 (MQ=255) aaGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTg > 2:5692911/1‑93 (MQ=255) aaGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTg > 1:4638940/1‑93 (MQ=255) aaGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTg < 1:6098020/93‑1 (MQ=255) aGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGc < 1:4495129/93‑1 (MQ=255) cGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCaa < 2:1881166/93‑1 (MQ=255) gAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAAt < 1:308638/93‑1 (MQ=255) gAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAAt < 1:4216859/93‑1 (MQ=255) aaaCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAAtt < 2:5493505/93‑1 (MQ=255) aaaCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAAtt < 1:1306943/93‑1 (MQ=255) aaCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTg > 1:6481575/1‑93 (MQ=255) aCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTgg > 1:3685247/1‑93 (MQ=255) aCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTgg < 2:2984693/93‑1 (MQ=255) aGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCgg < 1:6622614/93‑1 (MQ=255) aGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCgg < 1:3387498/93‑1 (MQ=255) aGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCgg < 2:4826728/93‑1 (MQ=255) gTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGt > 1:4316984/1‑93 (MQ=255) gTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGt < 2:3625809/93‑1 (MQ=255) tACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTg > 1:6069326/1‑93 (MQ=255) tACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTg > 2:322696/1‑93 (MQ=255) aGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTg > 2:5431157/1‑93 (MQ=255) gAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGt < 1:839019/93‑1 (MQ=255) gAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGt > 1:2560327/1‑93 (MQ=255) aaTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGtt < 2:6558795/93‑1 (MQ=255) aaTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGtt < 2:3337037/93‑1 (MQ=255) aaTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGtt < 1:213765/93‑1 (MQ=255) aaTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGtt < 1:5546554/93‑1 (MQ=255) aaTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGtt < 1:2745193/93‑1 (MQ=255) aaTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGCTGCAATTGGCGGTGCTGtt > 1:721737/1‑93 (MQ=255) aTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTc > 1:779902/1‑93 (MQ=255) tGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCt < 2:479076/93‑1 (MQ=255) tGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCt < 1:2681711/93‑1 (MQ=255) gTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCtt < 2:5797126/93‑1 (MQ=255) tCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtg > 2:2725677/1‑93 (MQ=255) tCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtg < 1:4446420/93‑1 (MQ=255) cAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtgg < 2:4621338/93‑1 (MQ=255) gCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtggtg > 2:624521/1‑93 (MQ=255) gCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtggtg > 2:4116223/1‑93 (MQ=255) tATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTggtggt > 1:3154889/1‑93 (MQ=255) aTGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGtt > 2:1154903/1‑93 (MQ=255) ggCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTc > 1:1391292/1‑93 (MQ=255) gCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTcc < 2:1689436/93‑1 (MQ=255) cACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCt > 2:3152811/1‑93 (MQ=255) ccATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTgg < 2:1210885/93‑1 (MQ=255) cATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTggg > 1:367440/1‑93 (MQ=255) cATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTggg < 1:2237824/93‑1 (MQ=255) aTCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTgggg > 2:4300465/1‑93 (MQ=255) aTCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTgggg > 2:1401813/1‑93 (MQ=255) tCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTggggg > 1:5860807/1‑92 (MQ=255) tCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGa > 1:4944921/1‑93 (MQ=255) gTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAAt > 1:105491/1‑93 (MQ=255) gTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAAt > 1:1829760/1‑93 (MQ=255) gTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAAt < 1:3769259/93‑1 (MQ=255) ttAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATa < 1:1510872/93‑1 (MQ=255) tAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATAc < 2:3494684/93‑1 (MQ=255) aaCGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACt > 1:677404/1‑93 (MQ=255) 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cAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAAcc > 2:3080847/1‑93 (MQ=255) aGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCg > 2:5961516/1‑93 (MQ=255) aGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCg < 1:2365496/93‑1 (MQ=255) gATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCgg > 2:5855241/1‑93 (MQ=255) gATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCgg > 2:737521/1‑93 (MQ=255) gATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCgg < 1:3266934/93‑1 (MQ=255) aTTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCggg < 2:2022673/93‑1 (MQ=255) aTTAAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCggg < 1:1655122/93‑1 (MQ=255) ttCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGGACCGGGc > 1:5680611/1‑93 (MQ=255) tCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCg > 1:6033848/1‑93 (MQ=255) cAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGt < 1:107287/93‑1 (MQ=255) cAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGt < 1:4806859/93‑1 (MQ=255) gggCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtc > 1:5061712/1‑93 (MQ=255) gggCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtc < 2:6270800/93‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtct < 1:6245157/93‑1 (MQ=255) gCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtctc < 1:5970872/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |