| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,739,051 | A→G | M373V (ATG→GTG) | ydhC → | putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,739,051 | 0 | A | G | 99.6% | 765.0 / NA | 232 | M373V (ATG→GTG) | ydhC | putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (118/113); minor base T (0/1); total (118/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TGTGCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAATGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAGTCGCTCATAGCGAATCA > NC_000913/1738962‑1739140 | tgtgCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGc > 2:2823602/1‑93 (MQ=255)tgtgCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGc > 1:4294551/1‑93 (MQ=255) gtgCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCt > 1:4461494/1‑93 (MQ=255) gtgCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCt < 1:2296386/93‑1 (MQ=255) gtgCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCt > 1:5879086/1‑93 (MQ=255) tgCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTg > 2:5786698/1‑93 (MQ=255) gCTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTgg > 2:624593/1‑93 (MQ=255) cTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGt < 2:5621885/93‑1 (MQ=255) cTTCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGt < 2:3163305/93‑1 (MQ=255) ttCCTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTc < 1:2132281/93‑1 (MQ=255) tCCTGGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCGCCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTcg < 1:1157591/93‑1 (MQ=255) cTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTcgcg < 1:1915739/93‑1 (MQ=255) cTCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTcgcg > 2:1831827/1‑93 (MQ=255) tCGCAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCgcgc > 1:221691/1‑93 (MQ=255) cAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTgg < 2:2197578/93‑1 (MQ=255) cAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTgg > 2:6537073/1‑93 (MQ=255) cAAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTgg > 1:1020769/1‑93 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTggg > 2:129436/1‑93 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTggg < 2:1633912/93‑1 (MQ=255) aGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGt < 2:1525226/93‑1 (MQ=255) gTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt < 1:5453493/93‑1 (MQ=255) gTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt > 2:4706658/1‑93 (MQ=255) tCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTa < 2:3292652/93‑1 (MQ=255) tGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACa < 1:5045362/93‑1 (MQ=255) tGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACa < 2:59559/93‑1 (MQ=255) tGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACa < 1:1635866/93‑1 (MQ=255) ggTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACat > 1:2144855/1‑93 (MQ=255) gTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatg > 2:2442950/1‑93 (MQ=255) tAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatga < 1:5675730/93‑1 (MQ=255) tAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatga > 1:1447233/1‑93 (MQ=255) aGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatgat < 2:5997124/93‑1 (MQ=255) gTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatgatg > 1:4029781/1‑93 (MQ=255) gTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatgatg > 2:6585922/1‑93 (MQ=255) tttCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGc > 1:3361081/1‑93 (MQ=255) tCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCaa > 1:4257206/1‑93 (MQ=255) tGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGt < 1:2973820/93‑1 (MQ=255) ggCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGtt > 1:122717/1‑93 (MQ=255) ggCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGtt > 1:4536760/1‑93 (MQ=255) ggCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGtt < 1:3405612/93‑1 (MQ=255) ggCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGtt > 2:2902423/1‑93 (MQ=255) ggCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGtt > 1:3852270/1‑93 (MQ=255) gCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTtg < 2:2134327/93‑1 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTtgt > 1:4810400/1‑93 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTtgt < 1:3725545/93‑1 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTtgt < 1:5236645/93‑1 (MQ=255) gATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTga > 2:673758/1‑93 (MQ=255) gATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTga > 2:1079747/1‑93 (MQ=255) aGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTgaagaa > 2:2040481/1‑93 (MQ=255) aGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTgaagaa > 1:3517878/1‑93 (MQ=255) aGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTgaagaa < 2:3103193/93‑1 (MQ=255) tATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGt < 2:3335548/93‑1 (MQ=255) tCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTg > 1:4710205/1‑93 (MQ=255) cAGCACGCCATTGCTTACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTgg < 2:3799687/93‑1 (MQ=255) cAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTgg > 1:4987138/1‑93 (MQ=255) 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ccaccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCa > 2:6644992/1‑93 (MQ=255) ccaccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCa > 1:912996/1‑93 (MQ=255) ccaccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCa < 2:5120190/93‑1 (MQ=255) caccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCaa < 2:3644816/93‑1 (MQ=255) cccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAAt < 1:3614030/92‑1 (MQ=255) accaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAAt < 1:611961/93‑1 (MQ=255) ccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATg > 1:1604509/1‑93 (MQ=255) ccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCg > 2:5236105/1‑93 (MQ=255) ccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCg > 2:4850283/1‑93 (MQ=255) caGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGa > 1:6198130/1‑93 (MQ=255) caGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGa < 1:4434385/93‑1 (MQ=255) aGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGaa < 1:1732534/93‑1 (MQ=255) gCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAg > 2:5267754/1‑93 (MQ=255) cGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAGt < 1:2732992/93‑1 (MQ=255) cGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAGt < 1:1369771/93‑1 (MQ=255) gTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAGTc < 2:5405864/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |