| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,787,068 | G→A | A204T (GCC→ACC) | aroH → | 3‑deoxy‑D‑arabinoheptulosonate‑7‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,787,068 | 0 | G | A | 99.5% | 682.9 / NA | 197 | A204T (GCC→ACC) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabinoheptulosonate‑7‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (102/93); total (102/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
ATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGT > NC_000913/1786978‑1787157 | aTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCacc < 2:6402318/93‑1 (MQ=255) ttCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCGGCGCAGCCCGCaccagcca < 1:6543459/93‑1 (MQ=255) ttCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagcca > 2:6002855/1‑93 (MQ=255) ttCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagcca > 1:1947834/1‑93 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGTTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata < 2:3261694/93‑1 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata < 2:100560/93‑1 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata < 2:27627/93‑1 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata < 2:6049916/93‑1 (MQ=255) ggCGCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCatat < 2:5330256/93‑1 (MQ=255) gCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATg < 1:3179658/93‑1 (MQ=255) gCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATg < 2:2579019/93‑1 (MQ=255) cACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGt < 1:3606281/93‑1 (MQ=255) aCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGtt > 2:2437068/1‑93 (MQ=255) aCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGtt > 1:5832392/1‑93 (MQ=255) tctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTcc < 1:2630955/93‑1 (MQ=255) tctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTcc < 2:3200073/93‑1 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCCCCAGCCATATGTTCctct < 1:5059206/93‑1 (MQ=255) gTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGc > 2:6307508/1‑93 (MQ=255) tCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGcc > 2:3366272/1‑93 (MQ=255) tCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGcc > 2:4534023/1‑93 (MQ=255) ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCa > 1:5283956/1‑93 (MQ=255) ggTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGa > 1:6510223/1‑93 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGAc > 2:4277427/1‑93 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGAc > 2:4672765/1‑93 (MQ=255) tAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACa < 1:1471069/93‑1 (MQ=255) tAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACa > 2:2092064/1‑93 (MQ=255) aGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaa > 1:4943440/1‑93 (MQ=255) aGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGCTCCTCTCGCCAGACaa > 1:2599754/1‑93 (MQ=255) ggTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaa < 2:5535824/93‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa > 2:3005438/1‑93 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa < 2:3910199/93‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa > 2:6523933/1‑93 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa < 1:4417153/93‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa > 2:3466170/1‑93 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa < 1:818211/93‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa > 2:147671/1‑93 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa < 1:2531934/93‑1 (MQ=255) tttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAAt < 2:443031/93‑1 (MQ=255) ttAAAAATGGTACCGATGGCAATACTCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTTGCCAGACAAAAATg > 1:6731142/1‑93 (MQ=255) ttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATg > 1:4825861/1‑93 (MQ=255) aaaaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGt > 1:2449515/1‑93 (MQ=255) aaaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTc > 2:6632061/1‑93 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATTGTCa < 2:4029679/93‑1 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCa > 2:5830905/1‑93 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCa > 2:5098943/1‑93 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCa > 1:1519447/1‑93 (MQ=255) aTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGa > 2:1778487/1‑93 (MQ=255) aTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCGGTGGATGCTACCCGGGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGa < 2:4963107/93‑1 (MQ=255) ggTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATg > 2:2732926/1‑93 (MQ=255) ggTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATg > 1:5707626/1‑93 (MQ=255) gTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGa < 2:1336726/93‑1 (MQ=255) cGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATAGTCAGATGACCAt > 1:1074360/1‑93 (MQ=255) gATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATc < 1:3525285/93‑1 (MQ=255) aTGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCCCCAGACAAAAATGGTCAGAGGACCATCt > 1:6381293/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |