| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,822,574 | G→A | T342T (ACC→ACT) | mltB ← | membrane‑bound lytic murein transglycosylase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,822,574 | 0 | G | A | 99.6% | 877.8 / ‑5.3 | 236 | T342T (ACC→ACT) | mltB | membrane‑bound lytic murein transglycosylase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (136/99); total (136/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GGGAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCTTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGGGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGTTCGGCAGACCGTACCAGTACTGGTAGCCGGTGCCAACATCCAGACGCAGCAGGCT > NC_000913/2822484‑2822663 | ggAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTg > 1:3852212/1‑93 (MQ=255) ggAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTg > 2:1547528/1‑93 (MQ=255) gAAGCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGc < 1:519493/93‑1 (MQ=255) gccgaCGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCtgt < 1:5738655/89‑1 (MQ=255) gCTCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCtgt < 2:601636/93‑1 (MQ=255) tCACGCCCCCCTCTTGTAAATAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTgg < 1:1476526/93‑1 (MQ=255) 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tAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTa > 2:4814262/1‑93 (MQ=255) tAGCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTa < 2:198355/93‑1 (MQ=255) gCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGa > 2:1489588/1‑93 (MQ=255) gCTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGa > 1:733607/1‑93 (MQ=255) cTACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGaa < 2:3292597/93‑1 (MQ=255) tACTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAg > 1:3489186/1‑93 (MQ=255) aCTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGt < 2:2097282/93‑1 (MQ=255) cTGTACTCGCGCCAGCGCCACGGCCTGTCCTAACTGCCAGACCGCCATTGCGTAATGAGTGCTGTGGTTGTAACGGGTGATGGTGTAGAAGtt < 1:823266/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |