Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,902,688 | A→G | intergenic (+1292/+81) | ygcE → / ← ygcF | putative kinase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,902,688 | 0 | A | G | 99.3% | 469.3 / ‑4.8 | 145 | intergenic (+1292/+81) | ygcE/ygcF | putative kinase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (95/49); total (96/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TACCGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGAGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCAAT > NC_000913/2902598‑2902777 | tACCGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGt < 2:6467876/93‑1 (MQ=255) ccGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGttt > 2:1537462/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTc > 1:1694235/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTc > 1:431550/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTc > 2:2275085/1‑93 (MQ=255) aataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCag > 1:4812225/1‑93 (MQ=255) aataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCag > 1:2537811/1‑93 (MQ=255) ataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCaga > 1:435600/1‑93 (MQ=255) aatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAgg > 2:4298718/1‑93 (MQ=255) ttttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCg > 2:5993971/1‑93 (MQ=255) tCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGGTTTCAGAGGCGaca > 1:5153673/1‑93 (MQ=255) cACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaa < 2:661214/93‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 2:4870645/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 1:4964917/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 1:249879/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 2:5859336/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa < 2:6206868/93‑1 (MQ=255) cTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaac < 2:262620/93‑1 (MQ=255) cTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaaa > 2:3527414/1‑92 (MQ=255) tCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaaca > 1:4053718/1‑93 (MQ=255) ccAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaacaa < 2:2147711/93‑1 (MQ=255) cAGCGAAAAATTACTGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAat < 2:3803435/93‑1 (MQ=255) 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tAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTc < 2:3190952/93‑1 (MQ=255) tAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTc > 1:2262387/1‑93 (MQ=255) gagaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCa > 2:5365691/1‑93 (MQ=255) gaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCAcc > 2:2833281/1‑93 (MQ=255) gaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCAcc < 2:5309804/93‑1 (MQ=255) gaATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCAcc < 2:915634/93‑1 (MQ=255) aaTGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCAccc > 1:1002685/1‑93 (MQ=255) aTGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCa > 2:1183478/1‑93 (MQ=255) 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aTGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTtata < 2:4132054/93‑1 (MQ=255) aTGATTAGCCCTGGATGGGGAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTtata > 2:2525496/1‑93 (MQ=255) gATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAAc < 2:5704280/93‑1 (MQ=255) ttAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGc > 2:312890/1‑93 (MQ=255) ttAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGc > 1:756950/1‑93 (MQ=255) ttAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGc > 2:6346320/1‑93 (MQ=255) ttAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGc > 1:4140799/1‑93 (MQ=255) ttAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGc > 1:5456031/1‑93 (MQ=255) ccTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTtata > 2:2941843/1‑93 (MQ=255) ccTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTtata > 1:1359669/1‑93 (MQ=255) ccTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTtata > 1:4688863/1‑93 (MQ=255) cTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaa > 1:240517/1‑93 (MQ=255) cTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaa > 1:6407494/1‑93 (MQ=255) cTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaa > 1:4445390/1‑93 (MQ=255) cTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaa > 2:6465104/1‑93 (MQ=255) cTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaa > 2:3893853/1‑93 (MQ=255) tGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATaaa > 2:1810587/1‑93 (MQ=255) ggATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAAt > 1:514475/1‑93 (MQ=255) ggATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAAt > 2:355231/1‑93 (MQ=255) ggATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAAt > 1:1503078/1‑93 (MQ=255) tGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGtt < 1:2535997/93‑1 (MQ=255) gggTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGttt > 1:2287943/1‑93 (MQ=255) aaaaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATc < 1:319093/93‑1 (MQ=255) aaaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCa > 2:6646316/1‑93 (MQ=255) aaaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCa > 1:3325682/1‑93 (MQ=255) aaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAg < 2:4293053/93‑1 (MQ=255) aaTGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAg > 1:2982068/1‑93 (MQ=255) tGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGc > 1:5823288/1‑93 (MQ=255) ggagggGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCa > 1:1631707/1‑93 (MQ=255) aggggTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCAat < 2:3735244/93‑1 (MQ=255) | TACCGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGAGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCAAT > NC_000913/2902598‑2902777 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |