| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,071,928 | T→C | intergenic (‑217/+68) | epd ← / ← yggC | D‑erythrose 4‑phosphate dehydrogenase/putative kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,071,928 | 0 | T | C | 99.6% | 899.4 / NA | 272 | intergenic (‑217/+68) | epd/yggC | D‑erythrose 4‑phosphate dehydrogenase/putative kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (127/144); minor base A (1/0); total (128/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AACGCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑TCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCG > NC_000913/3071838‑3072016 | aCGCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑cccc < 1:4329464/93‑1 (MQ=255) aCGCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑cccc > 1:205645/1‑93 (MQ=255) cGCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑Ccccc < 1:6022443/93‑1 (MQ=255) cGCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑Ccccc < 1:818696/93‑1 (MQ=255) cGCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑Ccccc < 1:2014204/93‑1 (MQ=255) gCTTCAGCTAGGAAAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCt < 1:4713707/93‑1 (MQ=255) 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tAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTggg > 2:3518136/1‑93 (MQ=255) aGGATAAGCGAAACGTGGAATGAAAGGAATGGTTGTCCAGCCGGAGAAGACATTTATGTGAGTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGa > 1:2964122/1‑93 (MQ=255) ggATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGaa > 2:4513565/1‑93 (MQ=255) gATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAg > 1:1611644/1‑93 (MQ=255) gATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAg < 2:5579148/93‑1 (MQ=255) tAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCt < 2:899567/93‑1 (MQ=255) tAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCt > 2:4039602/1‑93 (MQ=255) aGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCttt > 1:5102369/1‑93 (MQ=255) 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tAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCg > 1:1845691/1‑93 (MQ=255) aGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCCGGCTGGCGtaaa > 2:5295462/1‑92 (MQ=255) ggAATTTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaata < 1:2674200/93‑1 (MQ=255) gAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaataa < 1:143657/93‑1 (MQ=255) gAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaataa > 2:3090478/1‑93 (MQ=255) aaTGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaataat < 1:5530996/93‑1 (MQ=255) aaTGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaataat < 1:5978270/93‑1 (MQ=255) aTGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaataata > 2:6147282/1‑93 (MQ=255) tGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaataataa < 1:1257969/93‑1 (MQ=255) tGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGtaataataa < 1:1673033/93‑1 (MQ=255) gTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAAc < 2:2684123/93‑1 (MQ=255) gTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAAc > 1:1947388/1‑93 (MQ=255) tGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCt < 2:6014394/93‑1 (MQ=255) gTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTa > 2:5712520/1‑93 (MQ=255) cAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACaa > 2:1404686/1‑93 (MQ=255) cAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACaa < 2:6044796/93‑1 (MQ=255) 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cTTTTA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATAc < 2:2331969/93‑1 (MQ=255) ttttA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGTCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATAcc < 2:1719682/93‑1 (MQ=255) ttttA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATAcc < 1:6159326/93‑1 (MQ=255) ttttA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATAcc < 1:3901359/93‑1 (MQ=255) ttttA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATAcc > 1:3194413/1‑93 (MQ=255) tttA‑CCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCg < 2:1304808/93‑1 (MQ=255) | AACGCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTA‑TCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCG > NC_000913/3071838‑3072016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |