Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 347,902 | G→A | intergenic (‑235/‑4) | prpR ← / → prpB | regulator for prp operon/putative phosphonomutase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 347,902 | 0 | G | A | 99.6% | 956.2 / ‑5.7 | 258 | intergenic (‑235/‑4) | prpR/prpB | regulator for prp operon/putative phosphonomutase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (146/111); total (147/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AAATTAAACATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGGGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACTAAAGAAAATCCATTGCAGATTGTTGGCACCATCAACGCTAA > NC_000913/347812‑347991 | aaaTTAAACATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGc > 2:2067020/1‑93 (MQ=255) aaTTAAACATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCt < 1:4338338/93‑1 (MQ=255) aaTTAAACATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCt < 2:233704/93‑1 (MQ=255) aTTAAACATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTa < 2:3735867/93‑1 (MQ=255) aTTAAACATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTa > 1:635321/1‑93 (MQ=255) ttAAACATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTAt > 2:244988/1‑93 (MQ=255) 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cATTTAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGtctc > 1:6663293/1‑93 (MQ=255) tttAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTa > 2:6262036/1‑93 (MQ=255) tttAATTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTa > 1:4380696/1‑93 (MQ=255) aaTTTTATTAAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTacac > 2:3286901/1‑93 (MQ=255) ttattaAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACtctc < 2:6596172/93‑1 (MQ=255) tattaAGGCAATTTTGGCACACCCATTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTcc < 1:1061619/93‑1 (MQ=255) tattaAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTcc > 2:2165425/1‑93 (MQ=255) tattaAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTcc > 2:5964135/1‑93 (MQ=255) tattaAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTcc > 1:1729304/1‑93 (MQ=255) attaAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCa < 2:4000567/93‑1 (MQ=255) attaAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCa < 2:678110/93‑1 (MQ=255) taAGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAgg < 1:4043922/93‑1 (MQ=255) aaGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGt < 1:1963163/93‑1 (MQ=255) aaGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGt < 2:3479208/93‑1 (MQ=255) aGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTa > 2:767506/1‑93 (MQ=255) aGGCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTa > 1:3711919/1‑93 (MQ=255) ggCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTaa > 1:5159396/1‑93 (MQ=255) gCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTaaa > 2:1627435/1‑93 (MQ=255) gCAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTaaa > 1:2217353/1‑93 (MQ=255) cAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAg < 2:4721170/93‑1 (MQ=255) cAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAg > 2:3545443/1‑93 (MQ=255) cAATTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAg < 1:4146100/93‑1 (MQ=255) aTTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCg > 2:1016101/1‑93 (MQ=255) aTTGTGGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCg > 1:885602/1‑93 (MQ=255) tgtgGCTCTCCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGtt < 1:4804644/93‑1 (MQ=255) tgtgGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGtt < 1:3374977/93‑1 (MQ=255) tgGCACACCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTc < 1:2940850/93‑1 (MQ=255) cacaCCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTcgcg < 1:1651774/93‑1 (MQ=255) cacCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGCTGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCt < 2:4703510/93‑1 (MQ=255) cacCCCTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTCAAGCGTATCGCGCt > 1:719414/1‑93 (MQ=255) ccTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCAc < 2:4227958/93‑1 (MQ=255) ccTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCAc > 1:3463551/1‑93 (MQ=255) cTTGCTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACt > 2:6416785/1‑93 (MQ=255) cTTTGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACt > 2:629794/1‑93 (MQ=255) tttGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACTa > 1:1939993/1‑93 (MQ=255) ttGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACTaa < 2:4256738/93‑1 (MQ=255) ttGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACTaa > 2:1152109/1‑93 (MQ=255) ttGTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACTaa > 2:4373395/1‑93 (MQ=255) gTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACTAAAg > 1:5844594/1‑93 (MQ=255) gTCTTTATCAACGCAAATAACAAGTTGATAACAAAGGATGAGCTATGTCTCTACACTCTCCAGGTAAAGCGTTTCGCGCTGCACTGACTAAAg > 1:3672040/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |