| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 367,441 | A→G | D106D (GAT→GAC) | mhpR ← | transcriptional regulator for mhp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 367,441 | 0 | A | G | 99.5% | 700.6 / ‑4.9 | 213 | D106D (GAT→GAC) | mhpR | transcriptional regulator for mhp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (122/90); total (122/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTATCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTC > NC_000913/367351‑367530 | gCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtc > 2:47369/1‑93 (MQ=255)gCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtc < 2:6330832/93‑1 (MQ=255) cccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtca > 2:2673789/1‑93 (MQ=255) cccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtca > 1:5051847/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat > 1:57594/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat > 2:5176746/1‑93 (MQ=255) cagcagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcatc < 2:525949/93‑1 (MQ=255) gcagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCgg < 2:3502658/93‑1 (MQ=255) gcagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCgg > 1:4079628/1‑93 (MQ=255) gcagTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCgg > 1:2283479/1‑93 (MQ=255) agTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAg < 1:6398935/93‑1 (MQ=255) agTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAg < 1:2957632/93‑1 (MQ=255) gTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAgg > 1:5952064/1‑93 (MQ=255) gTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAgg > 1:3336201/1‑93 (MQ=255) 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ccgccAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTAc > 2:2899565/1‑93 (MQ=255) cgccAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGGTAcg > 1:6062913/1‑93 (MQ=255) gccAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTAcgg > 1:882528/1‑93 (MQ=255) gccAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTAcgg < 2:6603798/93‑1 (MQ=255) cAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTAcggcg < 2:6701293/93‑1 (MQ=255) aGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTAcggcgg > 1:2738518/1‑93 (MQ=255) aGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTAcggcgg < 1:563209/93‑1 (MQ=255) aGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACata < 1:1132355/93‑1 (MQ=255) aGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACata < 1:3159598/93‑1 (MQ=255) gAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACatat > 1:5381197/1‑93 (MQ=255) gAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACatat < 1:1368734/93‑1 (MQ=255) aTCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATccc > 2:1390894/1‑93 (MQ=255) aTCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATccc > 2:1521827/1‑93 (MQ=255) tCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCct > 1:4241807/1‑93 (MQ=255) tGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTcc > 2:3264375/1‑93 (MQ=255) tGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTcc > 1:4176742/1‑93 (MQ=255) 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cGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtg > 2:2161914/1‑93 (MQ=255) gCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtgg > 2:932471/1‑93 (MQ=255) gCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtgg > 2:6028039/1‑93 (MQ=255) gCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtgg > 1:1579348/1‑93 (MQ=255) gCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtgg < 2:3332861/93‑1 (MQ=255) cACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtggt < 1:3113954/93‑1 (MQ=255) aCTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtggtg > 1:1703570/1‑93 (MQ=255) aCTTTGATGGTCAGTCGAAAACTGTCATCGGAGGGGCTACGGAGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAgtggtg > 2:3567923/1‑93 (MQ=255) 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aaaCTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGt > 2:1253149/1‑93 (MQ=255) aaaCTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGt > 1:1217210/1‑93 (MQ=255) aaCTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGtt > 2:3106973/1‑93 (MQ=255) aCTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTc < 1:2589662/93‑1 (MQ=255) aCTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTc > 1:2096879/1‑93 (MQ=255) aCTGTCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTc < 2:3431085/93‑1 (MQ=255) | GCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTATCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTC > NC_000913/367351‑367530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |